就目前狀況看，現代管理會計在我國中小企業的應用其效果還不很令人樂觀。其主要問題在于：
1、實際應用效果不太明顯。由于理論體系尚未形成，實際運用起來也是有選擇性的。比如有些企業只知道簡單粗略運用量本利分析或是進行責任中心核算活動等；
2、會計信息主要應對外部需求
中小企業的會計信息使用者較有限，對會計信息的質量要求不高。主要為稅務部門的納稅管理外部需求、工商部門的年檢時要求提供的會計報表為第二位的外部的需求、銀行貸款管理的需求為第三位的外部需求，其重點單純為資產負債情況及損益情況等方面。其次，投資者的決策需求和管理者的管理需求，成為最主要的內部的需求，由于中小企業的自身特點，投資者往往同時就是管理者，所以內部需求也不高。
3、理論研究不夠。管理會計是一門新興科學，我國會計界對它的研究尚未形成一套完整嚴密的基本理論體系和方法體系，仍停留在簡單方法的介紹方面，忽視理論系統研究，缺乏對實用性、功能性和可操作性的追求；
4、管理水平及會計人員整體素質不高
中小企業領導人普遍沒有經過科學化管理的熏陶，管理水平不高。首先，管理觀念陳舊，人員選用上任人唯親，相信血緣關系，強調忠誠老實，不注重才能；其次，管理方式上過度集權，不夠民主。家族式管理現象普遍存在，強調家族利益，從業人員覺得為一個家庭服務，個人晉升發展的機會很少，積極性與創造性未能充分發揮。而且管理隨意性強，缺乏管理的制度化、規范化和程序化。對于管理會計更是模棱兩可；第三，由于中小企業規模小，報酬低，發展潛力不大，致使高水平、高素質的會計人員不肯下嫁，所以，目前中小企業的會計人員一般為剛從學校畢業的年輕小生，沒有實踐經驗，又無資格，或者是一些原鄉鎮企業的會計，業務素質較低，知識比較陳舊。而中小企業所要求的會計人員其實*4能面面俱倒，有一定的綜合素質，故存在一定差距。
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