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當前，行政事業單位對納入財政管理的預算外收入專儲的會計處理出現多種多樣的方法，概括起來主要有以下四種方法。
方法一：將預算外資金專儲作為備查項目，不納入統一的賬務處理。
在預算外收入的資金存入財政專戶時不記賬，會計只在備查賬簿上作簡單登記，當財政將專戶存款返回時，才增加單位的資金和預算外收入。即：收取預算外收入時，借：銀行存款 貸：應繳預算款。上繳財政專戶儲存時，借：應繳預算款 貸：銀行存款（收取的預算外收入由銀行代收直接繳入預算外資金專儲時，則只作備查登記。）財政返回預算外資金專儲時，借：銀行存款 貸：財政補助收入／其他收入等（實際返回金額）。
這種處理完全符合現行行政事業單位會計制度的規定，并且方法簡單，易于操作，但其存在的弊端也是很明顯的，有的單位只有預算外收入，或者預算外收入占總收入的比例很大，這樣處理既不能清晰地反映行政事業單位每月的收繳進度、上繳財政情況和預算外資金專儲的可用余額等，也不利于對預算外收入的監管。
方法二：將預算外資金專儲視同銀行存款，把預算外收入直接作為收入。
一些單位把預算外資金專儲直接等同于本單位的銀行存款。
當收到預算外收入存入財政專戶時，借記“銀行存款——預算外資金專儲”，貸記“其它收入”等收入類科目；
當從財政返回預算外資金專儲時，沖減預算外資金專儲存款，同時把財政扣繳的部分記入事業支出／行政支出，即借記，銀行存款——基本存款賬號，事業支出，貸記，銀行存款——預算外資金專儲。
這種核算方法雖有利于本單位加強對預算外資金專儲的管理，及時地反映每月收到的預算外收入，但只適合財政全額返回預算外資金專儲的情況。然而，大部分單位的預算外資金專儲都是差額返回，只是比例有大有小，把上繳財政專戶的預算外收入直接記為收入則虛增了收入，把財政扣繳的部分記入事業支出／行政支出，又虛增了單位的開支，并且行政事業單位使用預算外資金專儲也會受到當地財政的嚴格限制。所以把預算外資金專儲視同銀行存款容易給單位管理當局一種假象：賬上反映有充足資金，單位有重大用途臨時調用時卻存在較大困難。另外，存入財政專戶的大部分預算外資金專儲并不會全額返回給執收單位使用，根據預算外收入的類別和各地財政的具體政策，當地財政會扣繳各單位一定比例的預算外資金專儲。既然從財政的預算外資金專儲中返回的總資金不完全等于甚至遠遠低于原存入的資金，那么將預算外資金專儲視同銀行存款的做法也有欠妥之處。
方法三：將預算外資金專儲視為應收款項進行管理。
一些單位將上繳財政的預算外資金專儲視為應收款項，從財政返回時再沖減應收款項，財政扣繳的部分列為支出。
這種核算方法和第二種類似，當財政扣繳比例較大時，易虛增應收賬款和支出。
方法四：將預算外資金專儲與應繳預算款對應，從財政返回后，沖減預算外資金專儲與應繳預算款，同時增加收入。
收取預算外收入時：
借：銀行存款
貸：應繳預算款。
上繳財政時：
借：銀行存款／應收賬款——預算外資金專儲
貸：銀行存款。
從財政返回時：
借：銀行存款
貸：財政補助收入／其他收入等（實際返回金額）
借：應繳預算款
貸：銀行存款／應收賬款——預算外資金專儲。
這種核算方法看似繁瑣，但它把單位上繳財政的預算外收入通過同時增加銀行存款／應收賬款——預算外資金專儲和應繳預算款，財政返回時再按實返數加扣繳部分沖減這兩個科目，這樣核算比較全面地反映了本單位的預算外收入的資金流動情況，還能不偏不倚地準確核算本單位的收入和支出。
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