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國稅發[2006]31號），將此前規定的“開發產品的預售收入應按不低于15%的預計營業利潤率繳納企業所得稅”調整為，經濟適用房項目預售收入的預計計稅毛利率不得低于3%，非經濟適用房項目按不同區域確定預售收入的預計計稅毛利率，其中，省會城市和計劃單列市的城區和郊區不得低于20％，地及地級市的城區和郊區不得低于15％，其他地區不得低于10％。而且執行這一規定的時間也被追溯到2006年1月1日。對房地產開發企業預收收入征收所得稅，一方面對樓市產生刺激，產生了宏觀調控的效果，另一方面也保證財政收入，受到了稅務機關歡迎。
2008年開始，中國新《企業所得稅法》正式實施，舊31號文件自行廢止。為避免房地產開發企業項目預售期間產生所得稅政策真空，2008年4月7日，國家稅務總局又公布了《關于房地產開發企業所得稅預繳問題的通知》，對房地產開發企業所得稅預繳政策進行了簡單調整，要求內外資房地產開發企業統一按照規定的預計利潤率分季(或月)計算出預計利潤額，計入利潤總額預繳，開發產品完工、結算計稅成本后按照實際利潤再行調整。該文件依然延續了舊31號文件規定的利潤率水平，對于非經濟適用房開發項目，位于省、自治區、直轄市和計劃單列市人民政府所在地城區和郊區的，不得低于20％；位于地級市、地區、盟、州城區及郊區的，不得低于15%；位于其他地區的，不得低于10％。經濟適用房開發項目不得低于3％。
中稅網財稅專家王駿對此做了簡單解釋，假設某個房地產開發企業2008年度房地產期房預售取得預售收入6000萬元，所在地計稅利潤率規定為20%，則其在進行2008年度所得稅匯算清繳期間需要將1200（6000×20%）萬元的預計利潤并入其年度應納稅所得額，課征25%的企業所得稅。房地產開發企業對該政策普遍不滿，關鍵就是很多開發商都埋怨計稅利潤率水平過高。一位房地產專業人士指出，某房地產開發企業從事經濟適用房開發，建設主管部門明確規定經濟適用房開發的利潤率不得高于3%，但是稅收上卻規定計稅利潤率不得低于3%是自相矛盾。08年下半年以來，房地產開發商要求降低計稅利潤率的呼聲一直不斷。
國稅發[2009]31號文件對房地產開發企業的所得稅政策做出適度調整，除了企業銷售未完工開發產品屬于經濟適用房、限價房和危改房的，其計稅毛利率不得低于3%，延續以往規定以外，其他未完工開發產品的計稅毛利率按下列規定進行確定：開發項目位于省、自治區、直轄市和計劃單列市人民政府所在地城市城區和郊區的，不得低于15%。開發項目位于地及地級市城區及郊區的，不得低于10%。開發項目位于其他地區的，不得低于5%。商品房開發項目計稅毛利率水平將大幅度下調，房地產開發企業所得稅預繳壓力將大大緩解，這在開發商4月初進行*9季度所得稅申報時就可以得到實現。
關注7.對預售期間計稅毛利實際征收企業所得稅
國稅發[2009]31號文件第九條規定，企業銷售未完工開發產品取得的收入，應先按預計計稅毛利率分季(或月)計算出預計毛利額，計入當期應納稅所得額。開發產品完工后，企業應及時結算其計稅成本并計算此前銷售收入的實際毛利額，同時將其實際毛利額與其對應的預計毛利額之間的差額，計入當年度企業本項目與其他項目合并計算的應納稅所得額。在年度納稅申報時，企業須出具對該項開發產品實際毛利額與預計毛利額之間差異調整情況的報告以及稅務機關需要的其他相關資料。
值得提醒納稅人注意的是，總局沒有任何關注毛利差異調整需要稅務師事務所出具鑒證報告的強制規定，這個時候需要關注各地對此做出的具體規定。
國稅發[2009]31號文件第十條還規定，企業新建的開發產品在尚未完工或辦理房地產初始登記、取得產權證前，與承租人簽訂租賃預約協議的，自開發產品交付承租人使用之日起，出租方取得的預租價款按租金確認收入的實現。
關注8.成本、費用扣除的稅務處理
企業在進行成本、費用的核算與扣除時，必須按規定區分期間費用和開發產品計稅成本、已銷開發產品計稅成本與未銷開發產品計稅成本。企業發生的期間費用、已銷開發產品計稅成本、營業稅金及附加、土地增值稅準予當期按規定扣除。開發產品計稅成本的核算應按第四章的規定進行處理。國稅發[2009]31號文件允許土地增值稅按規定扣除，對納稅人十分有利。
國稅發[2009]31號文件第十四條規定，已銷開發產品的計稅成本，按當期已實現銷售的可售面積和可售面積單位工程成本確認。可售面積單位工程成本和已銷開發產品的計稅成本按下列公式計算確定：
可售面積單位工程成本=成本對象總成本÷成本對象總可售面積
已銷開發產品的計稅成本=已實現銷售的可售面積×可售面積單位工程成本
企業對尚未出售的已完工開發產品和按照有關法律、法規或合同規定對已售開發產品（包括共用部位、共用設施設備）進行日常維護、保養、修理等實際發生的維修費用，準予在當期據實扣除。
企業將已計入銷售收入的共用部位、共用設施設備維修基金按規定移交給有關部門、單位的，應于移交時扣除。
關注9.配套設施稅務處理
國稅發[2009]31號文件第十七條規定，企業在開發區內建造的會所、物業管理場所、電站、熱力站、水廠、文體場館、幼兒園等配套設施，按以下規定進行處理：
(一)屬于非營利性且產權屬于全體業主的，或無償贈與地方政府、公用事業單位的，可將其視為公共配套設施，其建造費用按公共配套設施費的有關規定進行處理。
(二)屬于營利性的，或產權歸企業所有的，或未明確產權歸屬的，或無償贈與地方政府、公用事業單位以外其他單位的，應當單獨核算其成本。除企業自用應按建造固定資產進行處理外，其他一律按建造開發產品進行處理。企業在開發區內建造的郵電通訊、學校、醫療設施應單獨核算成本，其中，由企業與國家有關業務管理部門、單位合資建設，完工后有償移交的，國家有關業務管理部門、單位給予的經濟補償可直接抵扣該項目的建造成本，抵扣后的差額應調整當期應納稅所得額。
關注10.擔保金實際損失才可以扣除
國稅發[2009]31號文件第十九條規定，企業采取銀行按揭方式銷售開發產品的，凡約定企業為購買方的按揭貸款提供擔保的，其銷售開發產品時向銀行提供的保證金（擔保金）不得從銷售收入中減除，也不得作為費用在當期稅前扣除，但實際發生損失時可據實扣除。之所以允許扣除，是因為實際發生的損失和企業銷售業務緊密聯系，不屬于與生產經營無關的支出。
國稅發[2009]31號文件第二十條規定，企業委托境外機構銷售開發產品的，其支付境外機構的銷售費用(含傭金或手續費)不超過委托銷售收入10%的部分，準予據實扣除。該規定意味著對傭金實行限額扣除，而不是全額扣除。但是該規定不適用于支付給境內企業的傭金。
關注11.利息支出稅前扣除
房地產開發企業很關注利息扣除的有關規定。國稅發[2009]31號文件第二十一條規定，企業的利息支出按以下規定進行處理：
1.企業為建造開發產品借入資金而發生的符合稅收規定的借款費用，可按企業會計準則的規定進行歸集和分配，其中屬于財務費用性質的借款費用，可直接在稅前扣除。
2.企業集團或其成員企業統一向金融機構借款分攤集團內部其他成員企業使用的，借入方凡能出具從金融機構取得借款的證明文件，可以在使用借款的企業間合理的分攤利息費用，使用借款的企業分
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