對以購進農產品為原料生產銷售液體乳及乳制品、酒及酒精、植物油的增值稅一般納稅人，納入農產品增值稅進項稅額核定扣除試點范圍，不再憑增值稅扣稅憑證抵扣增值稅進項稅額。此項政策加強了農產品增值稅進項稅額抵扣管理，但稅務機關的監管責任依然重大。在實施核定扣除政策時應注意以下問題：
　　一是要核實企業當期購進的農產品的進項稅款，特別是取得增值稅專用發票的農產品的進項稅是否準確核算并從當期全部進項稅額中轉出。同時，注意核實企業銷售免稅的副產品（例如植物油生產企業生產的副產品豆粕）進項稅額是否按規定進項稅額作轉出處理。
　　二是企業按照投入產出法核定農產品進項稅額，其公式是由當期銷售貨物數量計算得出當期農產品耗用數量，再由當期農產品耗用數量計算得出允許抵扣農產品增值稅進項稅額，而公式中當期銷售貨物數量是不含采購除農產品以外的半成品生產的貨物數量，也就是說用外購的半成品生產的貨物銷售時是按其購進時取得的增值稅專用發票抵扣進項稅的，而不是用核定扣除辦法計算抵扣進項稅的，所以應核實企業是否能夠分別準確核算銷售的貨物是來源于自產半成品還是外購半成品。
　　三是要核實企業是否準確核算副產品的銷售額并計提銷項稅，并通過副產品與主產品的比例關系測算企業實際生產及銷售主產品的數量。
　　四是企業按照投入產出法核定農產品進項稅額，其當期銷售貨物數量只能是主產品的數量，而不含副產品的數量，以免重復計算抵扣農產品增值稅進項稅額。
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