1、使用范圍不同
普通發票在所有的經營活動中都可以使用，而增值稅專用發票僅限于增值稅一般納稅人在銷售貨物和提供加工、修理修配勞務時使用。
2、票面記載的內容不同
普通發票記載的主要是交易數量、含稅價格、含稅交易額等，增值稅專用發票記載的主要是交易數量、不含稅價格、不含稅交易額、增值稅稅額等。
3、聯次不同
普通發票一般有三聯，分別是存根聯、發票聯、記賬聯，而增值稅專用發票一般有發票聯、記賬聯和稅款抵扣聯，從2004年起新印制的增值稅專用發票取消了存根聯。
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