1.傳統的審計方法。在經濟效益審計中，審計人員需要審核有關經濟效益數據的真實性和可靠性，并要用到大量的財務數據。在審查影響經濟效益的原因、挖掘潛力時也要運用某些傳統審計的方法。傳統審計的方法指過去用于財務審計的方法，包括審閱法、核對法、查詢法、盤點法、調節法、鑒定法、觀察法等。
2.經濟活動分析方法。經濟效益審計要審查經濟效益的實現程度，檢查和分析影響經濟效益的原因，經常使用經濟活動分析的方法，使用比較多的經濟活動分析方法主要有因素分析法、比較分析法和平衡分析法。
3.圖表審計方法。就是指利用各種圖表或分析表格反映經濟現象、揭示經濟現象相互的依存關系的一種方法。利用圖表審計方法，可以有助于評價經濟效益的實現程度，分析影響經濟效益的原因，有助于有針對性地提出審計建議和采取糾正行動。審計中可以運用的圖表很多，常用的主要有調查表、排列圖、因果關系圖、系統圖、流程圖、網絡圖等。
4.數學分析方法。數學分析方法是經濟效益審計中最重要的方法之一。前已述及，數學是經濟效益審計方法的基礎，很多審計技術方法都要以數學運算為基礎。數學分析方法是指建立經濟數學模型對生產經營和經營成果進行定量計算，可用作計劃、預測和決策的審計?；貧w分析法、線性規劃法、投入產出法等都是目前經常使用的數學分析方法。
5.現代管理方法。在現代企業經營管理中產生和運用了大量的現代管理方法。在經濟效益審計中為了審查經濟效益的實現程度，幫助被審單位挖掘潛力，提高經濟效益，也經常要用到現代管理方法。審計人員運用現代管理方法，不是代替被審單位管理部門的工作，而是為了對被審單位的經濟活動進行評價，提出審計建議。現代管理方法很多，審計人員經常使用的有本量利分析法、預測分析法、決策分析法、統籌法、價值工程和成本效益分析法等。
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