（一）總分包間差額抵扣營業稅的風險分析
在建筑業總分包間差額抵扣營業稅的風險主要體現以下幾方面：
（1）建筑工程的轉包不可以差額抵扣營業稅。
《房屋建筑和市政基礎設施工程施工分包管理辦法》（中華人民共和國建設部124號令）第十三條規定：“禁止將承包的工程進行轉包。不履行合同約定，將其承包的全部工程發包給他人或者將其承包的全部工程肢解后以分包的名義分別發包給他人的，屬于轉包行為。”《中華人民共和國建筑法》（中華人民共和國主席令第46號）第二十八條規定：“禁止承包單位將其承包的全部建筑工程轉包給他人，禁止承包單位將其承包的全部建筑工程肢解以后以分包的名義分別轉包給他人。”《中華人民共和國營業稅暫行條例》（中華人民共和國國務院令第540號）第五條第（三）項規定：“納稅人將建筑工程分包給其他單位的，以其取得的全部價款和價外費用扣除其支付給其他單位的分包款后的余額為營業額。”基于這些政策法律規定，在建筑工程總分包之間，如果總承包方把工程轉包給個人還是建筑企業（無論有五建筑資質），則總承包方必須全額繳納營業稅，而不能差額抵扣營業稅。
（2）總承包人把建筑工程分包給個人或沒有建筑資質的公司，不可以差額抵扣營業稅。
《中華人民共和國建筑法》（中華人民共和國主席令第46號）第二十九條規定：“建筑工程總承包單位可以將承包工程中的部分工程發包給具有相應資質條件的分包單位；禁止總承包單位將工程分包給不具備相應資質條件的單位。”同時，《房屋建筑和市政基礎設施工程施工分包管理辦法》（中華人民共和國建設部124號令）第八條規定：“嚴禁個人承攬分包工程業務。”第十四條第（一）規定：“分包工程發包人將專業工程或者勞務作業分包給不具備相應資質條件的分包工程承包人的是違法分包。”根據以上政策法律規定，如果總承包人將建筑工程分包給個人或沒有建筑資質的公司，必須全額繳納營業稅，而不可以差額抵扣營業稅。
（3）安裝工程、裝修工程、修繕工程和其他工程的總分包之間不可以差額抵扣營業稅。
《中華人民共和國營業稅暫行條例》（中華人民共和國國務院令第540號）第五條第（三）項規定：“納稅人將建筑工程分包給其他單位的，以其取得的全部價款和價外費用扣除其支付給其他單位的分包款后的余額為營業額。”基于此規定，總分包之間差額抵扣營業稅，只限于建筑工程。根據國家稅務總局關于印發《營業稅稅目注釋》（試行稿）的通知（國稅發「1993」第149號）第二條的規定，所謂建筑工程是指新建、改建、擴建各種建筑物、構筑物的工程作業，包括與建筑物相連的各種設備或支柱、操作平臺的安裝或裝設工程作業，以及各種窯爐和金屬結構工程作業在內。因此，如果安裝工程、裝修工程、修繕工程和其他工程的總承包方把其中的部分安裝工程、裝修工程、修繕工程和其他工程分包給其他人（無論是個人還是公司），都不能享受差額抵扣營業稅的稅收待遇。
（4）總包人沒有履行抵扣營業稅的法定申報程序，不可以差額抵扣營業稅。
為了抵扣營業稅，總承包人必須履行一定的法定申報程序。概而言之，主要符合以下申報程序：分包人必須向總包人開具建安發票，而且總承包人必須向建筑勞務所在地地稅局提供分包人開具的建筑業發票和稅收繳款書復印件；有的地方稅務機關要求分包額除以總包額小于50%.《中華人民共和國建筑法》（中華人民共和國主席令第46號）第二十九條第二款規定：“施工總承包的，建筑工程主體結構的施工必須由總承包單位自行完成。”基于此規定，一個建筑工程的主體工程在總工程中一定超過50%，有的地方稅務局在審查總分包時，如果總包只做工程的一小部分，則認定為總包發生轉包行為，不可以差額抵扣營業稅。
另外，總承包人必須持總分包合同到工程所在地的地稅局進行備案登記，并且必須向工程所在地的地稅局進行建筑工程項目登記，申報納稅。
（二）總分包之間的配合費和違約金的稅務風險
總分包之間的配合費和違約金的稅務風險主要體現在，總包向分包收取的配合費和違約金以及分包向總包收取的違約金是否要繳納營業稅。具體分述如下：
（1）總包向分包收取配合費用是否要繳納營業稅。
在實踐中，總包為了促使分包方按照總包的要求及時按質按時完成工程，必須到分包所負責的工程現場進行指導、監督和管理服務，從而需要向分包方收取一定的配合費用或者管理費用，在總包與分包人結算工程款時進行扣除。對總包向分包收取的配合費用到底要不要申報繳納營業稅？如果要申報繳納營業稅，是按建造業3%申報還是按照非建筑業5%申報呢？
《中華人民共和國營業稅暫行條例》（國務院令2008年第540號）*9條規定：“在中華人民共和國境內提供本條例規定的勞務、轉讓無形資產或者銷售不動產的單位和個人，為營業稅的納稅人，應當依照本條例繳納營業稅。”《中華人民共和國營業稅暫行條例實施細則》（財政部、國家稅務總局令2008年第52號）第三條規定：“條例*9條所稱提供條例規定的勞務、轉讓無形資產或者銷售不動產，是指有償提供條例規定的勞務、有償轉讓無形資產或者有償轉讓不動產所有權的行為。”基于此規定，總包向分包指導、監督和管理服務而收取的配合費用或收取的“形式上是配合費用，實質上好處費用（在實踐中，由于”潛規則“的存在，總包根本沒有給分包提供管理性的服務，但必須向分包人收取配合費用，實質上是分包給予總包的”好處費“，一般在總包與分包人結算工程款是進行扣除。），必須申報繳納營業稅。由于總包是接受分包的建筑勞務，既總包是勞務的接受方，總包向分包收取或在與分包工程結算時扣下的配合費用不是”價外費用。“因此，總包向分包收取的配合費用應該按照5%申報繳納營業稅。
（2）總包向分包收取的違約金或分包向總包收取的違約金是否要繳納營業稅。
為了規范和約束總分包之間的權利和義務，總分包合同往往有違約金條款。這種違約金要不要申報繳納營業稅，要從兩方面來分析：
*9，因分包方沒有按照安全作業的規范要求進行施工，總包必須向分包方收取安全作業違約金，不需要申報繳納營業稅，也不需要向分包人開具發票。
根據《中華人民共和國營業稅暫行條例》（國務院令2008年第540號）和《中華人民共和國營業稅暫行條例實施細則》（財政部、國家稅務總局令2008年第52號）的規定，營業稅的納稅義務人是勞務提供方而不是勞務的接受方。在總分合同之間，總包是建筑勞務的接受方，分包是建筑勞務的提供方，因此，總包必須向分包方收取安全作業違約金，不需要申報繳納營業稅。為什么不需要向分包不需要開發票呢？因為，總包收取分包人的違約金不申報繳納營業稅，根據《中華人民共和國發票管理辦法》的規定，不需要開發票。只要總包給分包開收據和總分包間的分包合同中的違約條款，分包人可以在企業所得稅前進行扣除支付給總包的違約金。
第二，因總包違約，分包向總包收取的違約金要申報繳納營業稅。
按照財政部國家稅務總局《關于營業稅若干政策問題的通知》（財稅[2003]16號）文件的規定，單位和個人提供應稅勞務、轉讓無形資產和銷售不動產時，因受讓方違約而從受讓方取得的賠償金收入，應并入營業額中征收營業稅。
《中華人民共和國營業稅暫行條例》（中華人民共和國國務院令第540號）第五條規定：“納稅人的營業額為納稅人提供應稅勞務、轉讓無形資產或者銷售不動產收取的全部價款和價外費用。”《中華人民共和國營業稅暫行條例實施細則》（財政部國家稅務總局第52號令）第十三條規定：“條例第五條所稱價外費用，包括收取的手續費、補貼、基金、集資費、返還利潤、獎勵費、違約金、滯納金、延期付款利息、賠償金、代收款項、代墊款項、罰息及其他各種性質的價外收費。”基于此規定，分包人向總包收取的違約金是分包人向總包結算工程款時，收取工程款的價外費用，需要申報繳納營業稅，并向總包開具建筑業的發票。
（三）總分包之間的材料領用的稅務風險
為了節約成本，保證工程質量，總包在包工包料的情況下，工程中的主要建筑材料或主體建材都是由總包統一購買，輔料由分包方自己采購。在這種情況下，總分包簽定的總分包合同中，合同中會確定總包發給分包方使用的主要建筑材料的數量、型號和種類，在與分包進行工程結算時，總包會在工程款中扣下總包發給分包使用或分包領用的建筑材料款。
總分包之間的材料領用的稅務風險主要體現為：分包人從總包人領用的建筑材料是由總包采購的，并且含在總分包合同中和總包與分包的工程結算價中，分包方沒有按照結算價給予總包開具建筑業發票而是只針對勞務部分給總包開具建安發票，結果少申報繳納了營業稅，構成漏稅的風險。
例如，甲乙簽定了一份總分包合同，分包額為100萬元，其中這100萬元分包額中，含有分包人從總包人領用主建筑材料50萬元，和50萬元建筑勞務款，這50萬元的主建筑材料是由總承包方負責采購，并發給分包人用于工程建設，則在總包與分包進行工程結算時，結算價為100萬元，分包人只向總包人開具50萬元的建安發票，而不是100萬的建安發票。則其中的50萬元主建筑材料少申報繳納了營業稅，正確的做法是分包方向總包方開具100萬元的建安發票。因為根《中華人民共和國營業稅暫行條例實施細則》（財政部國家稅務總局第52號令）第十六條的規定：“納稅人提供建筑業勞務（不含裝飾勞務）的，其營業額應當包括工程所用原材料、設備及其他物資和動力價款在內，但不包括建設方提供的設備的價款。”這條款中的“納稅人”不僅指總承包方而且指分包方。基于此規定，本案例中的分包不向針對50萬元材料繳納營業稅，必須做到如下幾點：
*9，總分包在簽定分包合同時，不能包總包購買的50萬元主建筑材料含在分包合同中。即總包與分包只簽定純清包工的建筑勞務合同（分包方只購買輔料）。
第二，總包采購建筑材料，再發給分包使用。
第三，總包與分包進行工程結算時，不能把分包方從總包方領用的建筑材料款算在內。
（四）總包方代替分包方扣繳營業稅的稅收風險
自2009年1月1日開始實施的《中華人民共和國營業稅暫行條例》（中華人民共和國國務院令第540號），已經取消了總包是分包人營業稅扣繳義務人的規定。也就是說，總分包之間在平常的業務過程中，往往會出現兩種情況：一種情況是總包代替分包人扣繳營業稅；另一種情況是分包人自己作為獨立的營業稅納稅人，向總包開具建安發票，讓總包進行營業稅的抵扣。
總包方代替分包方扣繳營業稅的稅收風險主要體現在，總包已經代分包人扣繳了營業稅，總包給分包人結算工程款時，總包還得向分包人索取建安發票，結果使分包人多繳納了營業稅，或者說分包人對分包額重復繳納營業稅。
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