一、被查對象基本情況
該單位為私營有限責任公司，經營范圍：房地產開發。租賃房屋辦公。
該單位開發建設“A公寓”和“B廣場”，“A公寓”2010年10月取得建設工程規劃許可證,2011年3月取得建筑工程施工許可證,2011年11月取得預售許可證，至2013年12月31日已銷售19462.39平方米。“B廣場”2011年7月取得建設工程規劃許可證， 2011年8月取得建筑工程施工許可證,2012年10月取得預售許可證，可售面積16179.64平方米，至2013年12月31日已預售3595.40平方米。
對該單位的納稅風險進行了檢查：1、同一屬期納稅人報送的房地產收據信息中“金額”欄合計額大于本期《營業稅納稅申報表》中"應稅收入"額，經核對2013年4月至6月少申報收入24773626.00元,為城陽地稅查補稅款后該單位賬務調整所致,2013年10月至12月少申報收入3650000元,該收入在2013年9月已申報。2、企業所得稅管理費用變動異常，在檢查情況中反映。3、2013年1至12月房地產預收賬款預繳企業所得稅異常,該單位2013年企業所得季度申報過程中,將預收賬款全額計入收入,按預收賬款的80%預估成本,將剩余20%作為利潤進行納稅申報,造成季度企業所得稅申報錯誤。4、城鎮土地使用稅問題，在檢查情況中反映。
二．發現的稅收違法問題及定性處理
（一）印花稅
簽訂借款合同，未繳納印花稅。
(二)城鎮土地使用稅
根據《中華人民共和國城鎮土地使用稅暫行條例》第二條、第三條、第四條規定，應補繳2013年10月1日至12月31日城鎮土地使用稅8092.33元。
（三）契稅
2010年4月取得 “A公寓”面積15301平方米和“B廣場”面積8067平方米的土地使用權,出讓價款分別為52330560.00元、32155062.00元， 2013年8月“A公寓”因建筑面積增加715.77平方米，補繳土地出讓金1631955.60元，2010年10月20日青島市規劃局建設工程規劃許可“A公寓”建設規模33637.00平方米，2013年7月18日“A公寓”房屋實測面積34226.28平方米。2011年1月25日青島市規劃局建設工程規劃許可“B廣場”建設規模20777.00平方米，青島市人民政府《關于城市基礎設施配套費有關問題的通知》青政辦發【2002】88號文件規定收費標準為建筑面積每平方米275元，“A公寓”應繳納配套費9412227.00元（34226.28×275），“B廣場”應繳納配套費5713675.00元（20777.00×275）。
根據《中華人民共和國契稅暫行條例》*9條、第二條、第三條、第四條、第五條和《財政部 國家稅務總局關于國有土地使用權出讓等有關契稅問題的通知》（財稅【2004】134號文件規定， “B廣場”應補繳2010年契稅171410.11元（32155062.00+5713675.00）×3%-964652.00】。“A公寓”應補繳2013年契稅159510.16元.
合計應補繳契稅合計330920.27元。
(四)企業所得稅
1、“A公寓”開發成本
由某集團有限公司承建的“A公寓”1-7號樓土建和裝飾工程結算審定工程造價35490982.02元，某集團有限公司開具工程結算發票35490982.02元，該公司將其中的1530982.02元列“B廣場”開發成本，應調至“A公寓”開發成本1530982.02元。
該單位“A公寓”賬載開發成本167802417.12元，2013年結轉營業成本133461304.82元，“A公寓”1-7號樓審定工程造價中已包含工程材料費，該公司將自購用于“A公寓”1-7號樓材料列開發成本，應調減“A公寓”開發成本10054223.63元。
2、職工教育經費
支付職工培訓費列管理費用。在管理費用列支職工教育經費經費471475.20元。
2013年支付職工工資總額851591.73元，準予扣除職工教育經費21289.79元（851581.73×2.5%），應調增2013年應納稅所得額450185.41元（471475.20-21289.79）。
3、調減項目
2013年補繳印花稅3250.00元、城鎮土地使用稅8092.33元,應調減2013年應納稅所得額11342.33元。
應補繳2013年企業所得稅162431.75元。
注意：《中華人民共和國契稅暫行條例》第四條*9款規定契稅的計稅依據：“國有土地使用權出讓、土地使用權出售、房屋買賣，未成交價格。”《條例細則》第九條規定，“條例所稱成交價格，是指土地、房屋權屬轉移合同確定的價格。包括承受者應交付的貨幣、實物、無形資產或者其他經濟利益。”財稅〔2004〕134號文件*9條第二款規定：以競價方式出讓的，其契稅計稅價格，一般應確定為競價的成交價格，土地出讓金、市政建設配套費以及各種補償費用應包含在內。該條將契稅計稅依據進一步細化明確，市政建設配套費（后來統稱城市基礎設施配套費）作為契稅計稅依據。青島市財政局、青島市國家稅務局、青島市地方稅務局2010年聯合下發文件青財源〔2010〕2號第三條中明確“將我市基礎設施建設配套費計入土地出讓計契稅稅額。上述政策自2010年4月1日起執行。《山東省契稅征收規定》（山東省人民政府令2013年第258號）第四條規定，“土地使用權出讓、出售及房屋買賣，其契稅計稅依據為合同確定的價格以及由承受方實際支付的超出合同的全部價款。”
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