預算控制是企業開展全面預算管理的一個重要環節，也是企業進行全面預算管理信息化需要考慮的一個重要方面。通過預算控制系統，企業預算管理部門可以很方便的對各預算單位的預算進行有效預警和控制。
通過將預算控制和日常審批流程相結合，在業務活動發生前，通過相應的審批過程，達到事前控制的目標。在審批流程中，業務活動發起人和審批人能夠從系統中實時得到該項預算信息（預算數、預算已經發生數、預算余額），并據其作出業務活動能否發生的判斷（審批流程如圖所示）。例如，某公司生產部門根據公司預算要采購固定資產，那么首先由生產部這項業務的經辦人填寫采購申請單，然后由生產部經理審核，對于一定金額以下的固定資產采購可能由財務審核即可，而對于一定金額以上的固定資產采購可能還需要主管副總或公司總經理審核，從業務活動發起人填寫申請單到部門負責人審批、財務審批以及主管副總和總經理審批的過程中，控制系統要能夠自動在該項業務申請單上顯示該項活動的年度總預算數、本月預算數、預算已經執行數、本月實際發生數。
與預算分析系統相同，控制系統也需要具有同實際核算、ERP等業務系統及預算編制系統的數據整合能力，保證各模塊的信息無縫連接。
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