納稅人的義務有：依法納稅的義務、按時繳納稅款的義務、扣繳義務人代扣、代收稅款的義務、依法進行稅務登記的義務、及時提供信息的義務、接受檢查的義務。
納稅人、扣繳義務人在稅務機關實施稅務檢查過程中應履行的義務主要有兩方面，一是納稅人、扣繳義務人必須接受稅務機關依法進行的稅務檢查，這里所講的“依法”，是指稅務機關應當根據法律、行政法規的規定，依照法定的職權和法定的程序來進行稅務檢查，換句話說，納稅人、扣繳義務人對違反法律、行政法規規定的或不符合法律、行政法規規定范圍和程序的稅務檢查，都有權拒絕接受。 例如，本法規定稅務機關派出的人員進行稅務檢查時，應當出示稅務檢查證件，那么對于未出示稅務檢查證件的，納稅人、扣繳義務人就有權拒絕檢查。二是納稅人、扣繳義務人必須如實反映情況，提供有關資料，不得拒絕、隱瞞，這是對納稅人、扣繳義務人在接受稅務機關依法進行的稅務檢查過程中的要求。
稅務檢查的主要對象是納稅人、扣繳義務人的生產、經營情況，通常這些情況是通過帳簿、資料及其他實物形態等反映出來的，因此納稅人、扣繳義務人在接受稅務機關的檢查時向稅務機關提供的情況和資料是否真實、準確，直接影響到稅務檢查的結果。 影響到國家的稅收收入及納稅人、扣繳義務人自身的利益，只有如實反映情況，提供有關資料，才能保證稅務檢查這種行政執法活動有效進行，任何拒絕稅務檢查和隱瞞情況及資料的行為，都是違反稅務管理的違法行為，對這種行為稅務機關可以依法給予一定的處罰。
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