納稅義務人是真正承擔納稅義務的人，而扣繳義務人只是因為與納稅人發生了某種經濟聯系，法律便賦予其代扣代繳或是代收代繳的義務。扣繳義務人只是負有代繳的義務，并不是真正的納稅人。
定義不同
納稅人也稱“納稅義務人”、“課稅主體”，是稅法上規定的直接負有納稅義務的單位和個人。是稅款的最終承擔者。
扣繳義務人是指非居民企業在中國境內未設立機構、場所的，或者雖設立機構、場所但取得的所得與其所設機構、場所沒有實際聯系的，其來源于中國境內的所得繳納企業所得稅，實行源泉扣繳，以支付人為扣繳義務人。 權利不同
納稅人有享受稅法規定的減稅、免稅的權利；有依法申請收回多繳納稅款的權利；在生產、經營發生重大困難時，依法享有申請分期、延期繳納稅款或申請減稅、免稅的權利；對稅務機關不正確的決定有申訴權。對稅務機關及其工作人員的不法行為有向其上級主管部門及國家監督、檢查機關檢舉、揭發的權利。 扣繳義務人只是代扣納稅人(注意為納稅人)稅款，然后向國庫繳納稅款，真正的納稅主體還是納稅人。在中華人民共和國境內（以下稱境內）銷售服務、無形資產或者不動產（以下稱應稅行為）的單位和個人，應當按照本辦法繳納增值稅，不繳納營業稅。
填發義務不一樣：扣繳義務人代扣、代收稅款時，納稅人要求扣繳義務人開具代扣、代收稅款憑證的，扣繳義務人應當開具。由此可見，在中國只有在納稅人主動索取扣稅憑單時，扣繳義務人才填發。如納稅義務人不主動索取，則扣繳義務人不必填發。
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