政府審計和注冊會計師審計不同分為目標和對象不同、標準不同、經費和收入來源不同、取證權限不同、對發現問題的處理方式不同五種。按審計活動執行主體的性質分類，除政府審計、獨立審計（包括注冊會計師審計）外，還有內部審計。
1．兩者的審計目標不同。政府審計是對被審計單位的財政收支或者財務收支的真實、合法和效益依法進行的審計；注冊會計師審計是注冊會計師對財務報表是否按照適用的會計準則和相關會計制度的規定編制進行的審計。 2．兩者的審計標準不同。政府審計是審計機關依據《中華人民共和國審計法》和國家審計準則等進行的審計；注冊會計師審計是注冊會計師依據《中華人民共和國注冊會計師法》和中國注冊會計師審計準則進行的審計。
3．兩者的經費或收入來源不同。政府審計履行職責所必需的經費，應當列入財政預算，由本級人民政府予以保證。注冊會計師的審計收入來源于審計客戶，由注冊會計師和審計客戶協商確定。
4．兩者的取證權限不同。審計機關有權就審計事項的有關問題向有關單位和個人進行調查，并取得有關證明材料，有關單位和個人應當支持、協助審計機關工作，如實向審計機關反映情況，提供相關證明材料；注冊會計師在獲取證據時很大程度上有賴于被審計單位及相關單位的配合和協助，對被審計單位及相關單位沒有行政強制力。 5．兩者對發現問題的處理方式不同。審計機關審定審計報告，對審計事項做出評價，出具審計意見書；對違規國家的財政收支、財務收支行為，需要依法給予處理、處罰的，在法定職權范圍內做出審計決定或者向有關主管機關提出處理、處罰意見。注冊會計師對審計過程中發現需要調整和披露的事項與管理層溝通。
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