注冊會計師審計共經歷四個發展階段。詳細審計、資產負債表審計、會計報表審計以及現當代注冊會計師審計。每個階段的注冊會計師審計形成時間、審計對象、審計目的、審計方法、報表使用人等都有所不同。
詳細審計：審計對象會計科目；審計目的查錯防弊；主要運用對會計賬目經行詳細審計的方法。這個時期的注冊會計師在法律上得到了確認地位，報表使用人主要是股東。
資產負債表審計：資產負債表審計發展；審計對象是賬目及資產負債表；審計目的是判斷企業信用狀況；審計方法詳細審計初步轉向抽樣審計；報表使用人主要有股東、債權人。
會計報表審計：審計對象是以資產負債表和收益表為中心的全部會計報表及相關財務資料，審計目的為了對會計報表發表審計意見，以確定會計報表的可能性，差錯防弊轉為次要目的，審計方法主要采用測試相關的內控，廣泛采用抽樣審計，而此時期的審計準則開始擬定，審計工作向標準化、規范化過度，注冊會計師資格考試制度廣泛推行，此階段的報表使用人已經是社會公眾了。
現當代注冊會計師審計：抽樣審計方法得到普遍運用，制度基礎審計方法得到推廣，計算機輔助審計技術得到廣發采用，此時期的注冊會計師審計業務擴大到代理納、會計服務、管理咨詢等領域。