分支機構不能享受小微企業優惠稅率，按照25%的基本稅率進行納稅申報。

分支機構在電子稅務局系統，不論選擇為非匯總還是獨立核算，都不能以各自分支機構的從業人數、資產總額、應納稅所得額作為判斷小微企業享受所得稅的優惠的依據，因為分支機構本身不是法人納稅人，不是核算企業所得稅的主體。

近期，很多企業反映，為何以前在稅務登記認定過的獨立核算的分支機構，上季度還可以按照獨立核算單獨繳納所得稅，本季度在申報時卻不能按照獨立核算享受所得稅的小型微利企業優惠了，下面就這個問題我們一起跟著老師來學習下相關的政策和依據吧~~

首先，總分機構所得稅的重要文件是國稅總局2012年第57號公告《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法》

第二條居民企業在中國境內跨地區（指跨省、自治區、直轄市和計劃單列市，下同）設立不具有法人資格分支機構的，該居民企業為跨地區經營匯總納稅企業（以下簡稱匯總納稅企業），除另有規定外，其企業所得稅征收管理適用本辦法。

第六條匯總納稅企業按照《企業所得稅法》規定匯總計算的企業所得稅，包括預繳稅款和匯算清繳應繳應退稅款，50%在各分支機構間分攤，各分支機構根據分攤稅款就地辦理繳庫或退庫；50%由總機構分攤繳納，其中25%就地辦理繳庫或退庫，25%就地全額繳入中央國庫或退庫。

也就是說，跨省一級的總分支機構都必須按照57號公告進行匯總納稅，50%由總機構就地繳納，剩余50%在分支機構間按照3因素分配法即營業收入35%、職工薪酬35%、資產總額30%進行分配，注意若總機構為具有主體生產經營職能的部門，也視同一個二級分支并入分配。

但是現實情況是有的分支機構往往因種種原因被視同獨立納稅人，獨立核算企業所得稅，從而金三系統維護為非匯總的獨立核算分支機構，因此后面的所得稅申報，分支機構不參與總機構分配，而作為獨立納稅人自行季度申報，自行匯算清繳。甚至有些分支機構當時在成立時，總機構的稅務機關根本就不知情，所以前期的分支機構納稅方式稍有混亂，一部分選擇匯總納稅的分支機構，嚴格按照57號公告由總機構匯總出具分配表，進行季度預交和年度清繳，還有一部分選擇非匯總納稅的獨立核算的分支機構選擇自主作為法人單位獨自進行所得稅申報和匯算清繳，非匯總的這部分分支機構在判斷小微的標準上，就將自己本身的相關信息填報，作為了判斷小微的標準，其實這兩種方式中，前者是最合規的，后者無論是企業還是稅務機關在前期維護和后期執行中都是存在瑕疵的，若按照57號公告的相關規定第二十四條以總機構名義進行生產經營的非法人分支機構，無法提供匯總納稅企業分支機構所得稅分配表，也無法提供本辦法第二十三條規定相關證據證明其二級及以下分支機構身份的，應視同獨立納稅人計算并就地繳納企業所得稅，不執行本辦法的相關規定。

按上款規定視同獨立納稅人的分支機構，其獨立納稅人身份一個年度內不得變更。匯總納稅企業以后年度改變組織結構的，該分支機構應按本辦法第二十三條規定報送相關證據，分支機構所在地主管稅務機關重新進行審核鑒定。

稅務機關應每年對于分支機構身份重新鑒定一次，但實際操作中并沒有此過程，因此本身在執行過程中，稅企雙方都存在瑕疵。

其次，按照2019年2月26日稅務總局在線訪談：

《實施普惠性企業所得稅減免助力小型微利企業發展》

網友：對于企業所得稅匯總納稅企業，小型微利企業標準中的從業人數、資產總額是否包括分支機構的部分？

國家稅務總局所得稅司副司長劉寶柱：現行企業所得稅實行法人稅制，企業應以法人為納稅主體，計算從業人數、資產總額等指標，即匯總納稅企業的從業人數、資產總額應包括分支機構的數據。

包含分支機構的匯總納稅企業從業人數、資產總額和應納稅所得額如超過小型微利企業標準，自然不能享受小型微利企業所得稅優惠。由總機構匯總納稅和與各分支機構盈虧相抵賦予總機構稅收監管責任。

因此可以看出，分支機構不論是否當時選擇為是否非匯總或者獨立核算或者按照總局答疑，都不能以自己獨自分支機構的從業人數、資產總額和應納稅所得額作為判斷小微企業享受所得稅的優惠，因為本身就不是法人納稅人，因此從7月份申報期開始，即所有分支機構都不能享受小微企業優惠稅率，需要按照25%的基本稅率進行納稅申報，當然二季度的申報為本年累計數，如此算來，也就是從2019年1月份開始，要么匯總納稅的分支機構需要總機構出具分配表進行納稅申報，要么非匯總的分支機構需要執行25%的基本稅率，也屬于對于前期執行瑕疵的糾錯吧，雖然來的比較突然，但是確實有修正的依據。

再次，以青島舉例（青島為計劃單列市），若存在市內的分支機構，青島地區（包括膠州市、平度市、萊西市三個縣級市和市南區、市北區、李滄區、嶗山區、城陽區、西海岸新區、即墨區七個市轄區即青島范圍內的7區3市）直接在總機構匯總繳納企業所得稅即可，不需要出具分配表，匯總匯算清繳即可，若存在除了上述的其他地區的分支機構，或者別的總機構在青島的分支機構，則要么按照57號公告出具分配表，要么分支機構獨立按照25%繳納稅款，現在各地對于分支機構的清理和整頓正在執行，后臺的申報，作為非匯總的分支機構，小微企業勾選已經成為灰色不可自行判斷選擇，因此分支機構需要按照正確的方式進行納稅申報，而且后期金稅三期系統將進行優化，增加相應監控指標。

最后娜老師提醒下：對于那種成立分支機構既然不領票又不開票的0申報空殼分支機構，目前雖然申報一切正常，但是若有一天分支機構不需要了，想要做注銷，雖然即便是正常申報，沒有成為非正常戶，可能也會有很多的麻煩，譬如分支機構的稅務可以詢問為何一直沒有按照57號公告進行分攤，沒有按照規定在當地開具相應發票，申報屬于分支機構的收入和所得等等問題，所以給大家提個醒，盡量所有操作都按照文件要求，正規執行，防患未然。

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