該員工因在主要工作城市擁有住房，上述因工作而發生的租房支出不得再享受個人所得稅住房租金專項附加扣除政策。

根據國家稅務總局公告 2018 年第 60 號《個人所得稅專項附加扣除 200 問》第 69 問題提出，對于合租住房租金支出由簽訂租賃合同的承租人扣除。因此，合租租房的個人(非夫妻關系)，若都與出租方簽署了規范租房合同，可根據租金定額標準各自扣除。

但是，根據國發[2018]41 號第六條的規定，納稅人在主要工作城市沒有自有住房而發生的住房租金支出可以按照標準定額扣除。

據此，住房租金針對在主要工作城市沒有住房發生的支出可以按照標準定額扣除。而貴司該員工在主要工作城市是有住房的并不是滿足無住房條件，不得針對該房租支出享受專項附加扣除。

相關規定：

《國務院關于印發個人所得稅專項附加扣除暫行辦法的通知》(國發[2018]41 號)

第六章 住房租金

第十七條 納稅人在主要工作城市沒有自有住房而發生的住房租金支出，可以按照以下標準定額

扣除：

(一)直轄市、省會(首府)城市、計劃單列市以及國務院確定的其他城市，扣除標準為每月1500 元;

(二)除第一項所列城市以外，市轄區戶籍人口超過 100 萬的城市，扣除標準為每月 1100 元;市轄區戶籍人口不超過 100 萬的城市，扣除標準為每月 800 元。納稅人的配偶在納稅人的主要工作城市有自有住房的，視同納稅人在主要工作城市有自有住房。市轄區戶籍人口，以國家統計局公布的數據為準。

第十八條 本辦法所稱主要工作城市是指納稅人任職受雇的直轄市、計劃單列市、副省級城市、

地級市(地區、州、盟)全部行政區域范圍;納稅人無任職受雇單位的，為受理其綜合所得匯算清繳的稅務機關所在城市。夫妻雙方主要工作城市相同的，只能由一方扣除住房租金支出。