根據《印花稅暫行條例》第二條的規定，貨物運輸合同需要繳納印花稅。而這里的貨物運輸合同包括民用航空、鐵路運輸、海上運輸、內河運輸、公路運輸和聯運合同。貴司雖然與客戶簽訂的是“服務協議”，但是在繳納印花稅時要區分，根據國稅發[1991]155號的相關規定，只有貨物運輸的部分需要繳納印花稅，貨運代理業務的部分不需要繳納印花稅。如果在合同中沒有區分貨物運輸和代理業務的金額，應當就全部合同金額繳納印花稅。

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相關規定：

《印花稅暫行條例》

第二條 下列憑證為應納稅憑證：

(一)購銷、加工承攬、建設工程承包、財產租賃、貨物運輸、倉儲保管、借款、財產保險、技術合同或者具有合同性質的憑證;

《印花稅暫行條例施行細則》

第十七條 同一憑證，因載有兩個或者兩個以上經濟事項而適用不同稅目稅率，如分別記載金額的，應分別計算應納稅額，相加后按合計稅額貼花;如未分別記載金額的，按稅率高的計稅貼花。

《國家稅務總局關于印花稅若干具體問題的解釋和規定的通知》(國稅發[1991]155 號)

十四、代理單位與委托單位簽訂的代理合同，是否屬于應稅憑證?

在代理業務中，代理單位與委托單位之間簽訂的委托代理合同，凡僅明確代理事項、權限和責任的，不屬于應稅憑證，不貼印花。