水土保持補償費支出該計入管理費用科目，收入計入應收補貼。水土保持補償費，是指單位和個人在從事自然資源開發和生產建設活動中，毀壞了水土保持設施（包括植物措施和工程措施）使其喪失原有的水土保持功能所必須補償的費用。管理費用，是指企業管理和組織生產經營活動所發生的各項費用。
管理費用包括的內容較多，以工業企業為例具體包括：
1.公司經費，即企業管理人員工資、福利費、差旅費、辦公費、折舊費、修理費、物料消耗、低值易耗品攤銷和其他經費；
2.工會經費，即按職工工資總額的一定比例計提撥交給工會的經費；
3.職工教育經費，即按職工工資總額的一定比例計提，用于職工教育學習以提高文化技術水平的費用；
4.勞動保險費，即企業支付離退休職工的退休金或按規定交納的離退休統籌金、價格補貼、醫藥費或醫療保險費、退職金、6個月以病假人員工資、職工死亡喪葬補助費及撫恤費、按規定支付離休人員的其他經費；
5.待業保險費，即企業董事會或最高權力機構及其成員為執行職能而發生的差旅費、會議費等。
水土保持補償費收費標準：
1.對一般性生產建設項目，按照征占用土地面積一次性計征，東部地區每平方米不超過2元(不足1平方米的按1平方米計，下同)，中部地區每平方米不超過2.2元，西部地區每平方米不超過2。5元。
對水利水電工程建設項目，水庫淹沒區不在水土保持補償費計征范圍之內。
2.開采礦產資源的，建設期間按照征占用土地面積一次性計征，具體收費標準按照本條第一款執行。開采期間，石油、天然氣以外的礦產資源按照開采量(采掘、采剝總量)計征。石油、天然氣根據油、氣生產井(不包括水井、勘探井)占地面積按年征收，每口油、氣生產井占地面積按不超過2000平方米計算;對叢式井每增加一口井，增加計征面積按不超過400平方米計算，每平方米每年收費不超過2元。各地在核定具體收費標準時，應充分評估損害程度，對生產技術先進、管理水平較高、生態環境治理投入較大的資源開采企業，在核定收費標準時應按照從低原則制定。
3.取土、挖砂(河道采砂除外)、采石以及燒制磚、瓦、瓷、石灰的，根據取土、挖砂、采石量，按照每立方米0.5-2元計征(不足1立方米的按1立方米計)。對繳納義務人已按前兩種方式計征水土保持補償費的，不再重復計征。
4.排放廢棄土、石、渣的，根據土、石、渣量，按照每立方米0.5-2元計征(不足1立方米的按1立方米計)。對繳納義務人已按前三種方式計征水土保持補償費的，不再重復計征。
上述各類收費具體標準由各省、自治區、直轄市價格主管部門、財政部門會同水行政主管部門根據本地實際情況制定。
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