根據《企業會計準則應用指南》附錄《會計科目和主要賬務處理》2711專項應付款規定，該科目核算企業取得政府作為企業所有者投入的具有專項或特定用途的款項。企業收到或應收的資本性撥款，借記“銀行存款”等科目，貸記本科目。將專項或特定用途的撥款用于工程項目，借記“在建工程”等科目，貸記“銀行存款”、“應付職工薪酬”等科目。工程項目完工形成長期資產的部分，借記本科目，貸記“資本公積——資本溢價”科目；對未形成長期資產需要核銷的部分，借記本科目，貸記“在建工程”等科目；撥款結余需要返還的，借記本科目，貸記“銀行存款”科目。

　　而根據《企業會計準則第16號—政府補助》第二條規定，政府補助，是指企業從政府無償取得貨幣性資產或非貨幣性資產。

　　綜上，專項應付款主要核算政府撥入資金屬于所有者投入的資本，而政府補助則主要核算政府無償給予的資產。