滯留發票一般是銷貨方對購貨方開具增值稅專用發票，而購貨方由于多種原因在規定期限內(180日)未將專用發票認證及抵扣的增值稅專用發票。
增值稅發票只要一經防偽稅控系統開出，由于各種主客觀因素導致很多該抵扣的發票，而購貨方未去認證則該發票就沒有對應的抵扣信息，就會造成滯留。
“營改增”一般納稅人由于增值稅扣稅憑證未經稅務機關認證而不得從當期銷項稅額中抵扣的進項稅額，是指一般納稅人已取得增值稅扣稅憑證、按照現行增值稅制度規定準予抵扣，但尚未經稅務機關認證的進項稅額，不得從當期銷項稅額中抵扣的進項稅額。那么，如何解決增值稅專用發票滯留事項呢?以下5種情況可以這樣處理。
1.先辦理認證抵扣再做全額進項轉出
企業若取得不能抵扣的專用發票，由于增值稅發票開具不去抵扣就會造成滯留，去抵扣又屬于不能抵扣的范圍，所以若取得不能抵扣的專用發票，是要把發票拿去認證抵扣，但同時做全額進項轉出。已經申報抵扣的異常憑證，經主管稅務機關核實后，凡不符合現行增值稅進項稅抵扣規定的，一律作進項稅轉出。
對于異常專用發票，需要調查核實后視情處理。
稅收風險分析評估中，主管稅務機關發現增值稅一般納稅人存在購進、銷售貨物(服務)品名明顯背離，虛假填列納稅申報表特定項目以規避稅務機關審核比對等異常情形的，應及時約談納稅人。
因電話、地址等稅務登記信息虛假無法聯系或兩次約談不到的，納稅人主動聯系主管稅務機關之前，主管稅務機關可通過增值稅發票系統升級版暫停該納稅人開具發票，并將其取得和開具的增值稅發票列入異常增值稅扣稅憑證范圍，錄入增值稅抵扣憑證審核檢查系統。
《國家稅務總局關于異常增值稅扣稅憑證抵扣問題的通知》第二條規定，主管稅務機關應對納稅人取得的異常憑證進行調查核實。尚未申報抵扣的異常憑證，暫不允許抵扣，經主管稅務機關核實后，符合現行增值稅進項稅抵扣規定的，應當允許納稅人繼續申報抵扣。已經申報抵扣的異常憑證，經主管稅務機關核實后，凡不符合現行增值稅進項稅抵扣規定的，一律作進項稅轉出。
2.失控專用發票要通過協查確認抵扣
失控增值稅專用發票是指防偽稅控企業丟失被盜金稅卡中未開具的專用發票以及被列為非正常戶的防偽稅控企業未向稅務機關申報或未按規定繳納稅款的增值稅專用發票。增值稅一般納稅人取得失控專用發票，其進項稅額不允許抵扣。
如果經稅務機關按非正常戶登記失控專用發票后，一般納稅人又向稅務機關申請防偽稅控報稅的，其主管稅務機關可以通過防偽稅控報稅子系統的逾期報稅功能受理報稅。經查屬于銷售方已申報并繳納稅款的，可由銷售方主管稅務機關出具書面證明，并通過協查系統回復購買方主管稅務機關，該失控發票可作為購買方抵扣增值稅進項稅額的憑證抵扣進項稅額。
《國家稅務總局關于失控增值稅專用發票處理的批復》(國稅函〔2008〕607號)規定，購買方主管稅務機關對認證發現的失控發票，應按照規定移交稽查部門組織協查。屬于銷售方已申報并繳納稅款的，可由銷售方主管稅務機關出具書面證明，并通過協查系統回復購買方主管稅務機關，該失控發票可作為購買方抵扣增值稅進項稅額的憑證。
根據上述規定，對于取得失控專用發票，需由企業主管稅務機關通過協查，確認銷售方已經申報納稅并取得銷售方主管稅務機關出具的書面證明及協查回復后，才可抵扣進項稅額。
3.遺失專用發票視情況分別處理
增值稅專用發票丟失，是在增值稅一般納稅人經營過程中經常發生的。在丟失了增值稅專用發票后，首先應分清丟失發票的責任。如是購買方的責任，需要求對方出具丟失發票的說明或主管稅務機關對其未按規定保管發票行為的處罰證明，然后分下列情況處理：增值稅一般納稅人將取得的專用發票“抵扣聯”丟失的，其進項稅額不允許抵扣。但如果丟失前已認證相符，可用“發票聯”復印件作為“抵扣聯”留存備查;如果丟失前未認證的，可用“發票聯”到主管稅務機關認證，將“發票聯”復印件留存備查。增值稅一般納稅人將取得的專用發票的“發票聯”和“抵扣聯”全部丟失的，其進項稅額不允許抵扣。
丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，經稅務機關審核同意可作進項稅額抵扣憑證。《關于簡化增值稅發票領用和使用程序有關問題的公告》國家稅務總局公告2014年第19號,明確了簡化丟失專用發票的處理流程：一般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，購買方可憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件及銷售方主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》或《丟失貨物運輸業增值稅專用發票已報稅證明單》，作為增值稅進項稅額的抵扣憑證;如果丟失前未認證的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件進行認證，認證相符的可憑專用發票記賬聯復印件及銷售方主管稅務機關出具的《證明單》，作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。專用發票記賬聯復印件和《證明單》留存備查。
4.客觀造成發票逾期可申請逾期抵扣手續
增值稅一般納稅人取得的增值稅扣稅憑證已認證或已采集上報信息但未按照規定期限申報抵扣;實行納稅輔導期管理的增值稅一般納稅人以及實行海關進口增值稅專用繳款書“先比對后抵扣”管理辦法的增值稅一般納稅人，取得的增值稅扣稅憑證稽核比對結果相符但未按規定期限申報抵扣，屬于發生真實交易且符合《國家稅務總局關于逾期增值稅扣稅憑證抵扣問題的公告》(國家稅務總局公告2011年第50號)第二條規定的客觀原因的，經主管稅務機關審核，允許納稅人繼續申報抵扣其進項稅額。
增值稅扣稅憑證未認證或未采集上報信息，且逾期即超期申報扣稅憑證的，根據國家稅務總局公告2011年第50號規定，增值稅一般納稅人發生真實交易但由于客觀原因造成增值稅扣稅憑證逾期的，經主管稅務機關審核、逐級上報，由國家稅務總局認證、稽核比對后，對比對相符的增值稅扣稅憑證，允許納稅人繼續抵扣其進項稅額。
客觀原因包括以下五種類型：1.因自然災害、社會突發事件等不可抗力原因造成增值稅扣稅憑證未按期申報抵扣;2.有關司法、行政機關在辦理業務或者檢查中，扣押、封存納稅人賬簿資料，導致納稅人未能按期辦理申報手續;3.
稅務機關信息系統、網絡故障，導致納稅人未能及時取得認證結果通知書或稽核結果通知書，未能及時辦理申報抵扣;4.
由于企業辦稅人員傷亡、突發危重疾病或者擅自離職，未能辦理交接手續，導致未能按期申報抵扣;5.國家稅務總局規定的其他情形。
5.涉嫌違規發票經核查后按規定處理
《國家稅務總局關于金稅工程增值稅征管信息系統發現的涉嫌違規增值稅專用發票處理問題的通知》(國稅函〔2006〕969號)規定，防偽稅控認證系統發現涉嫌違規發票分無法認證、認證不符、密文有誤、重復認證、認證時失控、認證后失控和納稅人識別號認證不符(發票所列購買方納稅人識別號與申報認證企業的納稅人識別號不符)等類型。
屬于無法認證、納稅人識別號認證不符和認證不符的發票代碼號碼認證不符(密文與明文相比較，發票代碼或號碼不符)的發票，不得作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。稅務機關應將發票原件退還企業，企業可要求銷售方重新開具。
屬于重復認證、密文有誤和認證不符(不包括發票代碼號碼認證不符)、認證時失控和認證后失控的發票，暫不得作為增值稅進項稅額的抵扣憑證，稅務機關扣留原件，移送稽查部門作為案源進行查處。
經稅務機關檢查確認屬于稅務機關責任以及技術性錯誤造成的，允許作為增值稅進項稅額的抵扣憑證;不屬于稅務機關責任以及技術性錯誤造成的，不得作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。
《關于修訂增值稅專用發票使用規定》(國稅發〔2006〕156號)進一步明確了上述規定。增值稅專用發票稽核系統發現涉嫌違規發票分比對不符、缺聯和作廢等類型。凡屬于上述涉嫌違規的發票，暫不得作為增值稅進項稅額的抵扣憑證，由稅務管理部門按照審核檢查的有關規定進行核查，并按有關規定進行處理。經稅務機關檢查確認屬于稅務機關責任以及技術性錯誤造成的，允許作為增值稅進項稅額的抵扣憑證;不屬于稅務機關責任以及技術性錯誤造成的，不得作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。