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銷售或外購貨物時，是和運輸代理單位簽訂合同，取得的一般是貨運代理業發票。根據政策規定，貨運代理業發票是不能計算增值稅進項稅抵扣的。實務中，有部分納稅人將取得的這種貨運代理發票計算抵扣增值稅進項稅導致了稅務機關的處罰。
10.遠洋運輸發票和境外運輸發票不能抵扣。遠洋運輸發票屬于國際貨物運輸發票，根據財稅[2005]165號的規定，一般納稅人取得的國際貨物運輸代理業發票和國際貨物運輸發票，不得計算抵扣進項稅額。對于國際貨物運輸發票是不準抵扣增值稅進項稅的，即企業發生的中國境外的運輸費用是不能抵扣增值稅的。
對于增值稅一般納稅人在進口和出口貨物環節發生的境外運輸費用能否抵扣增值稅進項稅問題：根據規定，增值稅一般納稅人取得的境外運輸費用是不能計算增值稅的進項稅的。
《財政部國家稅務總局關于增值稅若干政策的通知》財稅[2005]165號文第7條第三款規定：一般納稅人取得的國際貨物運輸代理業發票和國際貨物運輸發票，不得計算抵扣進項稅額。財稅[2005]165號文不僅強調了國際貨物運輸代理業發票不得計算抵扣增值稅進項稅，而且規定國際貨物運輸發票也不得計算抵扣進項稅。實際就明確了增值稅一般納稅人發生的境外運輸費用是不能抵扣進項稅的。
11.稅務^*發票手續不全，不予抵扣進項稅額。納稅人可以申請稅務機關代開運輸發票，但稅務機關代開的發票未必就一定可以抵扣進項稅額。《國家稅務總局〈關于加強貨物運輸業稅收征收管理有關問題〉的通知》（國稅發明電[2003]55號）規定：地稅局代開貨運發票時，應加蓋代開票地稅局發票專用章，專用章有代開票地稅局名稱和地稅局代碼，否則不予抵扣增值稅。
12.超過規定期限未申報不得抵扣。《國家稅務總局〈關于貨物運輸業若干稅收問題〉的通知》（國稅發[2004]88號）規定：增值稅一般納稅人取得的貨物運輸業發票，可以在自發票開具日180天后的*9個納稅申報期結束以前申報抵扣。一般來說，抵扣憑證應當自開票之日起180天內向主管國稅局申報抵扣。超過時限的不允許抵扣。
13.納稅人同時購入允許抵扣的貨物和不允許抵扣的貨物所發生的運費，如果能夠合理劃分，則運輸允許抵扣貨物部分的運費的進項稅額可以計算抵扣，如無法劃分，則不得計算進項稅額抵扣。
14.比對不符的運輸發票不得抵扣。《國家稅務總局〈關于加強貨物運輸業稅收管理及運輸發票增值稅抵扣管理〉的公告》（國稅發[2003]120號）規定，國稅局對增值稅一般納稅人申請抵扣的所有運輸發票與營業稅納稅人開具的貨物運輸業發票進行比對，凡比對不符的，一律不予抵扣。
國稅函[2007]722號文件規定，屬于“認證不符”中“納稅人識別號認證不符（發票所列受票方納稅人識別號與申報認證企業的納稅人識別號不符）”、“發票代碼號碼認證不符（機打代碼或號碼與發票代碼或號碼不符）”的貨運發票，不得作為增值稅進項稅額抵扣憑證。
“重復認證”、“密文有誤”和“認證不符（不包括發票代碼號碼認證不符和納稅人識別號認證不符）”的貨運發票，暫不得作為增值稅進項稅額抵扣憑證，稅務機關應扣留原件，移送稽查部門作為案源進行查處。屬于稽核發現涉嫌違規的貨運發票，暫不得作為增值稅進項稅額抵扣憑證，由管理部門按照審核檢查的有關規定進行核查和處理。
經稽查部門檢查或管理部門審核檢查確認屬于稅務機關操作問題以及技術性問題造成的，允許作為增值稅進項稅額抵扣憑證；不屬于稅務機關操作問題以及技術性問題造成的，不得作為增值稅進項稅額抵扣憑證。
15.其他單位代運輸單位和個人開具的運輸發票不得抵扣。《國家稅務總局〈關于貨物運輸業若干稅收問題〉的通知》（國稅發[2004]88號）規定：運輸單位提供運輸勞務自行開具的運輸發票，運輸單位主管地方稅務局及省級地方稅務局委托的^*發票中介機構為運輸單位和個人代開的運輸發票準予抵扣。除此以外的其他單位代運輸單位和個人開具的運輸發票一律不得抵扣。
16.未按規定逐票填寫《增值稅運輸發票抵扣清單》的不得抵扣。《國家稅務總局〈關于加強貨物運輸業稅收征收管理〉的通知》（國稅發[2003]121號）中附件2《運輸發票增值稅抵扣管理試行辦法》第四條規定：納稅人取得所有需計算抵扣增值稅進項稅額的運輸發票，應根據相關運輸發票逐票填寫《增值稅運輸發票抵扣清單》，在進行增值稅納稅申報時，除按現行規定申報報表資料外，增加報關《增值稅運輸發票抵扣清單》。納稅除報送清單紙質資料外，還需同時報送《增值稅運輸發票抵扣清單》的電子信息。未單獨報送《增值稅運輸發票抵扣清單》紙質資料及電子信息的，其運輸發票進項稅額不得抵扣。
17.抵扣聯加蓋印章的發票不得抵扣。國稅發[2006]67號文件規定，開具《貨運發票》時應在發票聯左下角加蓋財務印章或發票專用章或^*發票專用章；抵扣聯一律不加蓋印章。
18.國際貨物運輸代理發票不得抵扣。國稅函發[2005]54號文件規定，增值稅一般納稅人支付的國際貨物運輸代理費用，不得作為運輸費用抵扣增值稅。
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