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一、增值稅
2009年1月1日起，《中華人民共和國增值稅暫行條例》（國務院令第538號）及其《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細則》（財政部、國家稅務總局令50號）正式實施。對農業方面的稅收優惠政策在原有的基礎上進行了重新明確：對農業生產者銷售的自產農產品免征增值稅。所稱農業，是指種植業、養殖業、林業、牧業、水產業；農業生產者，包括從事農業生產的單位和個人。農產品，是指初級農產品，具體范圍由財政部、國家稅務總局確定。2009年1月19日，《財政部、國家稅務總局關于部分貨物適用增值稅低稅率和簡易辦法征收增值稅政策的通知關于部分貨物適用增值稅低稅率和簡易辦法征收增值稅政策的通知》（財稅〔2009〕9號）對減免的“農產品”進一步進行了明確：農產品，是指種植業、養殖業、林業、牧業、水產業生產的各種植物、動物的初級產品，具體征稅范圍暫繼續按照《財政部、國家稅務總局關于印發〈農業產品征稅范圍注釋〉的通知》（財稅字〔1995〕52號）及現行相關規定執行。
另外按照《財政部、國家稅務總局關于資源綜合利用及其他產品增值稅政策的通知》（財稅〔2008〕156號）的規定，對銷售自產的綜合利用生物柴油實行增值稅先征后退政策。所稱綜合利用生物柴油，是指以廢棄的動物油和植物油為原料生產的柴油。廢棄的動物油和植物油用量占生產原料的比重不低于70%。
《財政部、國家稅務總局關于農民專業合作社有關稅收政策的通知》（財稅〔2008〕81號）規定：對依照《中華人民共和國農民專業合作社法》規定設立和登記的農民專業合作社銷售本社成員生產的農業產品，視同農業生產者銷售自產農業產品免征增值稅；增值稅一般納稅人從農民專業合作社購進的免稅農業產品，可按13%的扣除率計算抵扣增值稅進項稅額；對農民專業合作社向本社成員銷售的農膜、種子、種苗、化肥、農藥、農機，免征增值稅。
2008年4月29日，《財政部、國家稅務總局關于有機肥產品免征增值稅的通知》（財稅〔2008〕56號）規定：自6月1日起，納稅人生產銷售和批發、零售有機肥產品（包括有機肥料、有機－無機復混肥料和生物有機肥）免征增值稅。
二、營業稅
2009年1月1日起，《中華人民共和國營業稅暫行條例》（國務院令第540號）及其《中華人民共和國營業稅暫行條例實施細則》（財政部、國家稅務總局令第52號）正式實施。新營業稅法對農業方面的稅收優惠政策在原有的基礎上進行了重新明確：農業機耕、排灌、病蟲害防治、植物保護、農牧保險以及相關技術培訓業務，家禽、牲畜、水生動物的配種和疾病防治而提供的勞務免征營業稅。所稱農業機耕，是指在農業、林業、牧業中使用農業機械進行耕作(包括耕耘、種植、收割、脫粒、植物保護等)的業務；排灌，是指對農田進行灌溉或排澇的業務；病蟲害防治，是指從事農業、林業、牧業、漁業的病蟲害測報和防治的業務；農牧保險，是指為種植業、養殖業、牧業種植和飼養的動植物提供保險的業務；相關技術培訓，是指與農業機耕、排灌、病蟲害防治、植物保護業務相關以及為使農民獲得農牧保險知識的技術培訓業務；家禽、牲畜、水生動物的配種和疾病防治業務的免稅范圍，包括與該項勞務有關的提供藥品和醫療用具的業務。
根據《財政部、國家稅務總局關于對若干項目免征營業稅的通知》（財稅〔1994〕2號）的規定，將土地使用權轉讓給農業生產者用于農業生產，免征營業稅。另據《國家稅務總局關于農業土地出租征稅問題的批復》（國稅函〔1998〕82號）的規定，農村、農場將土地承包（出租）給個人或公司用于農業生產，收取的固定承包金（租金），可比照《財政部、國家稅務總局關于對若干項目免征營業稅的通知》（財稅[1994]2號）的要求免征營業稅。
三、企業所得稅
2008年1月1日起，《中華人民共和國企業所得稅法》（主席令第63號）及《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》（國務院令第512號，以下簡稱《企業所得稅法實施條例》）正式實施。新企業所得稅法對企業從事下列項目的所得，免征企業所得稅：
1．蔬菜、谷物、薯類、油料、豆類、棉花、麻類、糖料、水果、堅果的種植；
2．農作物新品種的選育；
3．中藥材的種植；
4．林木的培育和種植；
5．牲畜、家禽的飼養；
6．林產品的采集；
7．灌溉、農產品初加工、獸醫、農技推廣、農機作業和維修等農、林、牧、漁服務業項目；
8．遠洋捕撈。
另外，新企業所得稅法對企業從事下列項目的所得，減半征收企業所得稅：
1．花卉、茶以及其他飲料作物和香料作物的種植；
2．海水養殖、內陸養殖。
2008年11月20日，《財政部、國家稅務總局關于發布享受企業所得稅優惠政策的農產品初加工范圍（試行）的通知》（財稅〔2008〕149號)針對《企業所得稅法實施條例》中免征“農產品初加工”所得的企業所得稅具體范圍進行了界定，該規定自2008年1月1日起執行。具體農產品初加工范圍略。
2009年6月2日，國務院辦公廳發出《關于印發促進生物產業加快發展若干政策的通知》，該通知規定：生物企業為開發新技術、新工藝、新產品發生的研發費用，未形成無形資產計入當期損益的，在按照規定據實扣除的基礎上，再按照研發費用的50%加計扣除；形成無形資產的，按照無形資產成本的150%攤銷。對被認定為高新技術企業的生物企業，按照稅法規定減按15%的稅率征收企業所得稅。對國家需要重點扶持和鼓勵發展的生物農業、生物醫藥、生物能源、生物基材料等生產企業，進一步完善相關稅收政策。
四、城鎮土地使用稅
《中華人民共和國城鎮土地使用稅暫行條例》（國務院令第483號）規定：直接用于農、林、牧、漁業的生產用地免繳土地使用稅。另據《財政部、國家稅務總局關于房產稅、城鎮土地使用稅有關政策的通知》（財稅〔2006〕186號）規定：在城鎮土地使用稅征收范圍內經營采摘、觀光農業的單位和個人，其直接用于采摘、觀光的種植、養殖、飼養的土地，根據《中華人民共和國城鎮土地使用稅暫行條例》第六條中“直接用于農、林、牧、漁業的生產用地”的規定，免征城鎮土地使用稅。在城鎮土地使用稅征收范圍內，利用林場土地興建度假村等休閑娛樂場所的，其經營、辦公和生活用地，應按規定征收城鎮土地使用稅。
根據當前集體土地使用中出現的新情況、新問題，《財政部、國家稅務總局關于集體土地城鎮土地使用稅有關政策的通知》（財稅〔2006〕56號）規定：在城鎮土地使用稅征稅范圍內實際使用應稅集體所有建設用地、但未辦理土地使用權流轉手續的，由實際使用集體土地的單位和個人按規定繳納城鎮土地使用稅。該規定自2006年5月1日起執行，此前凡與該規定不一致的一律以本通知為準。
五、車船稅
根據《中華人民共和國車船稅暫行條例》（國務院令第482號）及《中華人民共和國車船稅暫行條例實施細則》（財政部、國家稅總局令第46號）的規定，拖拉機、捕撈、養殖漁船、非機動車船(不包括非機動駁船)免征車船稅。省、自治區、直轄市人民政府可以根據當地實際情況，對農村公共交通車船給予定期減稅、免稅。所稱的拖拉機，是指在農業（農業機械）部門登記為拖拉機的車輛。所稱的捕撈、養殖漁船，是指在漁業船舶管理部門登記為捕撈船或者養殖船的漁業船舶（不包括在漁業船舶管理部門登記為捕撈船或者養殖船以外類型的漁業船舶）。所稱的非機動車，是指以人力或者畜力驅動的車輛，以及符合國家有關標準的殘疾人機動輪椅車、電動自行車等車輛；非機動船是指自身沒有動力裝置，依靠外力驅動的船舶；非機動駁船是指在船舶管理部門登記為駁船的非機動船。
六、印花稅
印花稅政策規定：對國家指定的收購部門與村民委員會、農民個人書立的農副產品收購合同免征印花稅；農林作物、牧業畜類保險合同暫不貼花。另據《財政部、國家稅務總局關于農民專業合作社有關稅收政策的通知》（財稅〔2008〕81號）規定，對依照《中華人民共和國農民專業合作社法》規定設立和登記的農民專業合作社與本社成員簽訂的農業產品和農業生產資料購銷合同，免征印花稅。
七、個人所得稅
《國家稅務總局關于進一步加強涉農稅收優惠政策貫徹落實工作的通知》（國稅發[2004]39號）規定：農民從事種植業、養殖業、飼養業、捕撈業取得的所得不繳納個人所得稅；農民取得的農業特產所得和從事種植業、養殖業、飼養業、捕撈業的所得，暫不繳納個人所得稅；農民銷售自產農產品的所得，仍暫不繳納個人所得稅。
另外，為支持國家天然林資源保護工程的實施，根據國務院批準實施天然林資源保護工程的有關文件精神，對國家天然林資源保護工程實施企業和單位有關房產稅、城鎮土地使用稅和車船使用稅政策問題規定如下：一、對長江上游、黃河中上游地區，東北、內蒙古等國有林區天然林資源保護工程實施企業和單位用于天然林保護工程的房產、土地和車船分別免征房產稅、城鎮土地使用稅和車船使用稅。對上述企業和單位用于天然林資源保護工程以外其他生產經營活動的房產、土地和車船仍按規定征收房產稅、城鎮土地使用稅和車船使用稅。二、對由于國家實行天然林資源保護工程造成森工企業的房產、土地閑置一年以上不用的，暫免征收房產稅和城鎮土地使用稅；閑置房產和土地用于出租或企業重新用于天然林資源保護工程之外的其他生產經營的，應依照規定征收房產稅和城鎮土地使用稅。三、用于國家天然林資源保護工程的免稅房產、土地和車船應單獨劃分，與其他應稅房產、土地和車船劃分不清的，應按規定征稅。以上規定于2004年1月1日至2010年12月31日期間執行。
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