「案例」某物流公司是一個集倉儲、運輸為一體納入試點的大型物流企業并且為自開票納稅人，2007年該公司的總收入為4 000萬元，其中提供運輸收入為1 400萬元，提供倉儲和其他業務的收入為2 600萬元。
根據國家發改委等部門發布的《關于促進我國現代物流業發展的意見的通知》和國家稅務總局《關于試點物流企業有關稅收政策問題的通知》（國稅發[2005]208號）的規定，對國家發改委和國家稅務總局聯合確認納入試點名單的物流企業及所屬企業開展物流業務應按其收入性質分別核算。提供運輸勞務取得的運輸收入按“交通運輸業”稅目征收營業稅并開具貨物運輸業發票。凡未按規定分別核算其營業稅應稅收入的，一律按“服務業”稅目征收營業稅。因此，對于那些納入試點的進行多種經營的物流企業來說，如果分別核算運輸、整理、倉儲、包裝等業務可以將稅率低的運輸業務按照3%稅率納稅；如果沒有分別核算則統一按照5%稅率繳納營業稅。
如果該企業沒有分開核算各項業務，則應繳納的營業稅為4 000×5%=200（萬元），應繳納的城市維護建設稅及教育費附加為200×（7%+3%）=20（萬元）。如果該企業分別核算運輸收入和其他收入，則應納營業稅為1 400×3%+2 600×5%=172（萬元），應繳納的城市維護建設稅及教育費附加為172×（7%+3%）=17.2（萬元）。比較可知，分開業務核算可以節省稅款200+20－172－17.2=30.8（萬元）。此外，對于代開票納稅的物流企業來說，根據《國家稅務總局關于貨物運輸業若干稅收問題的通知》（國稅發[2004]88號），代開票納稅人從事聯運業務，其計征營業稅的營業額為代開票注明的營業稅應稅收入，不得減除支付給其他聯運合作方的各種費用，因此代開票納稅人在進行籌劃時應注意將支付給其他聯運企業的費用單獨分開，由聯運企業單獨開具發票，而不要合并開具發票。
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