“合作建房” 是開發商在土地實施“招、拍、掛”之前拿地的重要途徑之一，利用該種方式開發的房地產項目清算中需要準確把握政策的核心內容。特別是聯合開發的協議約定以及項目立項的辦理方式，針對該公司所描述的情況，建議應該處理如下：
1、若聯合開發方只取得房屋自用，根據《財政部、國家稅務總局關于土地增值稅一些具體問題規定的通知》（財稅字[1995]48號）文件規定：“對于一方出地，一方出資金，雙方合作建房，建成后按比例分房自用的，暫免征土地增值稅，建成后轉讓的，應征收土地增值稅。”因此，對你們雙方開發若是自用是暫免征收土地增值稅。若是對外銷售，就要按規定計算繳納土地增值稅。
2、根據該公司的情況，假設該公司出地，建成后按比例分享三成，以該公司為開發主體并且建成后進行銷售處理，在納稅處理上就應當以貴單位為主體，按整個項目為單位進行土地增值稅預征和清算。貴單位所分配給聯合開發方的開發產品應按照公允價值計算繳納土地增值稅，公允價值可按《國家稅務總局關于房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》（國稅[2006]187號）文件第三條第（一）款的要求確認：（1）按本企業在同一地區、同一年度銷售的同類房地產的平均價格確定；（2）由主管稅務機關參照當地當年、同類房地產的市場價格或評估價值確定，對聯合開發方來說相當于用資金換取你單位建好的房產，該單位相當于提前收取了聯合開發房的預售款。該單位應開具銷售不動產發票給聯合開發方。
3、如果該公司不是開發主體，項目以聯合開發方名義主體進行開發，則該單位應按照“轉讓土地使用權”進行土地增值稅清算。分得房產自用暫免土地增值稅，分成后再行轉讓就要另行計算土地增值稅。
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