(1)科技開發風險準備的的提取。
科技開發是指企業從事的應用性技術開發活動，也就是將科學研究的成果及其他知識轉化為新產品、新工藝，以及對舊產品、舊工藝作重大改進的活動。它不包括研究活動在內。由于科技開發具有高風險性，因而需要采用特殊的處理方法。我國現行會計制度規定，科技尖提取科技開發風險準備，以抵償可能失敗的科技開發成本。這樣要求的目的，是為了滿足謹慎性原則的要求，避免高估資產低估費用。
(2)科技開發成本的處理。
主要是科技開發成本費用化還是資本化的問題。財政部于1993年5月頒發的《關于科技企業執行新的行業會計制度有關問題的通知》，規定企業發生的科技開發成本應在一個成本類科目中匯集，開發完成后登記適當的資產科目，但失敗項目的成本應沖銷預提的科技開發風險準備。
(3)技術服務活動的會計處理。
技術服務是指企業對外提供技術性勞務，包括工程設計和承包、技術咨詢、技術培訓、維修服務等等。技術服務在高新技術企業的經營活動中占有很重要的地位。為了滿足國家考核高新技術企業的收入分別進行核算。對此，企業所面臨的主要問題是，有時一項交易是技術服務還是商品銷售難以區分。一般作法是：凡商品提供附屬于技術服務者，應視為商品銷售;凡技術服務與商品分別定價者，應視為技術服務與商品銷售峽谷項業務同時發生。對于短期技術服務活動，企業于勞務已經提供，并已取得價款或索取價款的憑證時，確認技術服務收入的實現。對于長期技術服務合同，一般應采用完成進度法或完成合同法確認營業收入。
(4)國家扶持基金的核算。
為了促進高新按照我國現行法律，對高新技術企業減免稅的金額應用為“國家扶持基金”留在企業，用于生產發展，不得用于分配。這種規定與對外商投資企業的規定不規定不同，因而產生特殊處理問題。目前國家科委規定的處理方法是，將“國家扶持基金”作為盈余公積的一部分，并在盈余公積科目下設置明細科目進行核算。企業應在計算所得稅時，將減免稅金確認為“國家扶持基金”，作為盈余公積入賬。
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