貴司作為承租方支付租金，要求該員工至稅局取得代開發票，作為稅前扣除憑證，對于取得通行費電子發票根據發票上的稅額抵扣進項即可。

首先，員工將自身車輛租賃給公司使用，相當于提供了“有形動產租賃服務”，發生了增值稅應稅行為，因此，需要至稅局代開發票并繳納增值稅，貴司取得稅務機關代開的租賃費發票做稅前扣除。

其次，因通行費屬于貴司日常生產經營產生的合理支出，故，根據財稅[2017]90 號，貴司收到的 2018 年 1 月 1 日起開具的通行費電子普通發票可以憑借發票上注明的增值稅額抵扣進項。

相關規定：

《關于租入固定資產進項稅額抵扣等增值稅政策的通知》(財稅[2017]90 號)

七、自 2018 年 1 月 1 日起，納稅人支付的道路、橋、閘通行費，按照以下規定抵扣進項稅額：

(一)納稅人支付的道路通行費，按照收費公路通行費增值稅電子普通發票上注明的增值稅額抵扣進項稅額。2018 年 1 月 1 日至 6 月 30 日，納稅人支付的高速公路通行費，如暫未能取得收費公路通行費增值稅電子普通發票，可憑取得的通行費發票(不含財政票據，下同)上注明的收費金額按照下列公式計算可抵扣的進項稅額：

高速公路通行費可抵扣進項稅額=高速公路通行費發票上注明的金額÷(1+3%)×3%

2018 年 1 月 1 日至 12 月 31 日，納稅人支付的一級、二級公路通行費，如暫未能取得收費

公路通行費增值稅電子普通發票，可憑取得的通行費發票上注明的收費金額按照下列公式計算可抵扣進項稅額：

一、二級公路通行費可抵扣進項稅額=一、二級公路通行費發票上注明的金額÷(1+5%)×5%

(二)納稅人支付的橋、閘通行費，暫憑取得的通行費發票上注明的收費金額按照下列公式計算可抵扣的進項稅額：橋、閘通行費可抵扣進項稅額=橋、閘通行費發票上注明的金額÷(1+5%)×5%

(三)本通知所稱通行費，是指有關單位依法或者依規設立并收取的過路、過橋和過閘費用。