根據財稅[2016]101號第五條第（二）項規定，企業實施股權激勵，以實施股權激勵的企業為個人所得稅扣繳義務人。遞延納稅期間，扣繳義務人應在每個納稅年度終了后向主管稅務機關報告遞延納稅有關情況。

　　故，母公司向子公司骨干人員進行股權激勵，母公司為個人所得稅扣繳義務人，應由母公司代扣代繳個人所得稅。

　　另外，根據國家稅務總局關于股權激勵和技術入股所得稅征管問題的公告》(國家稅務總局公告2016年第62號第一條規定，上市公司實施股權激勵，個人選擇在不超過12個月期限內繳稅的，上市公司應自股票期權行權、限制性股票解禁、股權獎勵獲得之次月15日內，向主管稅務機關報送《上市公司股權激勵個人所得稅延期納稅備案表》。上市公司初次辦理股權激勵備案時，還應一并向主管稅務機關報送股權激勵計劃、董事會或股東大會決議。

　　綜上，母公司對子公司的員工做股權激勵，應由實施股權激勵企業即母公司作為扣繳義務人，向其機構所在地主管稅務機關辦理相關備案手續。

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　　相關規定：

　　《財政部國家稅務總局關于完善股權激勵和技術入股有關所得稅政策的通知》(財稅[2016]101號)

　　五、配套管理措施

　　(二)企業實施股權激勵或個人以技術成果投資入股，以實施股權激勵或取得技術成果的企業為個人所得稅扣繳義務人。遞延納稅期間，扣繳義務人應在每個納稅年度終了后向主管稅務機關報告遞延納稅有關情況。

　　《國家稅務總局關于股權激勵和技術入股所得稅征管問題的公告》（國家稅務總局公告2016年第62號）

　　一、關于個人所得稅征管問題

　　（五）企業備案具體按以下規定執行：

　　2.上市公司實施股權激勵，個人選擇在不超過12個月期限內繳稅的，上市公司應自股票期權行權、限制性股票解禁、股權獎勵獲得之次月15日內，向主管稅務機關報送《上市公司股權激勵個人所得稅延期納稅備案表》（附件2）。上市公司初次辦理股權激勵備案時，還應一并向主管稅務機關報送股權激勵計劃、董事會或股東大會決議。