一、定義不同
　　（1）MBA則是培養中高級職業經理人的專業學位，同樣受到商業競爭和國際化交流的影響。
　　（2）EMBA是針對高級管理人員的工商管理碩士課程，起源于美國芝加哥大學，旨在服務高層管理者。隨著商業競爭加劇和國際化交流增多，EMBA已成為大中型企業高層管理熱門課程。在我國，EMBA有三種類型：國內雙證統考班、中外合辦班和高校研修班。
　　二、學費不同
　　（1）MBA學費在6~30萬。
　　（2）EMBA學費通常在30~60萬。
　　例如，中國人民大學MBA學費在10~20多萬，而EMBA學費最高達52萬。清華經管非全日制MBA學費30.8萬，中財MBA非全日制16.8萬。總體而言，EMBA學費更貴。
　　三、招生對象不同
　　（1）MBA針對未來高級管理人員，要求報考者已有中層管理經驗，如部門經理等，旨在提升管理理念和方法，為未來晉升高層打基礎。
　　（2）EMBA則適合有豐富企業管理經驗的高層人士，如董事長、總經理等。學歷要求本科及以上，但自2004年起，國務院學位辦允許部分高校招收具有國民教育系列大專學歷的學員，比例不超過10%。工作經驗要求八年以上，其中四年以上為管理經驗。
　　四、培養目標不同
　　許多人認為EMBA更優。實際上，二者培養目標不同，選擇需視個人情況而定。
　　（1）MBA則旨在培養未來的高級管理人員，適合中層管理者如部門經理，希望提升管理理念和方法，以邁向更高職位。
　　（2）EMBA針對企業高管如董事長、總經理，提供更深層次的深造。對于尚未達到高層管理的人員，短期內報考EMBA可能用處不大。自主創新、尋求突破的企業通常推薦高管學習EMBA。
　　五、課程設置不同
　　（1）MBA課程以講授、案例分析和團隊討論為主，強調理論探討，適合培養未來管理者。內容涵蓋組織管理、統計學和財務管理等，注重解決實際企業問題。而EMBA課程更宏觀，強調整合和決策導向，站在企業全局研究管理問題。
　　（2）EMBA課程注重啟發學員，結合課程與學員體驗，對高管大有裨益。如中國人民大學EMBA，除課堂教學外，還有大師講堂、論壇、私董會企業參訪等。
　　六、招生院校不同
　　（1）我國有二百余所院校開設MBA，報考人數眾多，辦學門檻較低。
　　（2）EMBA辦學資格更為嚴格，只有北京大學、清華大學等985、211重點大學具備EMBA辦學資格。
　　七、獲得證書不同
　　（1）MBA完成學業并通過論文答辯后可獲碩士畢業證和學位證。
　　（2）EMBA證書獲取有三種情況：國內EMBA學位班自2017年起，畢業后可獲國家承認的EMBA碩士學位和畢業證，需參加統考。