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對于壞賬準備金的處理，稅法和會計處理的規定不同。國稅發［2000］84號文件規定，經批準可提取壞賬準備金的納稅人，除另有規定外，壞賬準備金提取比例一律不得超過年末應收賬款余額的5‰；年末應收賬款包括應收票據的金額。財政部《關于印發＜股份有限公司會計制度有關會計處理問題補充規定＞的通知》（財會字［1999］35號）規定，公司的應收款項（包括應收賬款和其他應收款）是否能夠作為一項資產，列示于資產負債表上，應當按照資產的定義予以合理地確認和計量。計提壞賬準備的方法、提取比例等由公司自行確定，但在確定壞賬準備的計提比例時，應當根據公司以往的經驗、債務單位的實際財務狀況和現金流量的情況，以及其他相關信息合理地估計。《通知》還規定，對公司的壞賬損失，只能采用備抵法核算。
在會計處理上，提取壞賬準備金的方法主要有應收賬款余額百分比法、賬齡分析法和銷貨百分比法三種。由此可見，無論是提取壞賬準備的依據，還是提取壞賬準備的方法，其會計處理辦法與稅收的規定都存在較大差異。在年終申報所得稅時應按照稅收的規定進行納稅調整。
由于在進行會計核算時，對壞賬準備的提取是采用“差額提取”的方法，因此，在年終申報繳納所得稅時，只能在當年度實際提取的壞賬準備范圍內進行調整。
如果企業當年度實際提取的壞賬準備小于或等于稅法規定的提取限額，則按實際提取數在稅前扣除，不作任何納稅調整。其差額部分，在以后年度也不得補扣。
如果企業當年度實際提取的壞賬準備大于稅法規定的提取限額，則應當按照其差額部分進行納稅調整。
舉例說明：某股份有限公司按賬齡分析法提取壞賬準備，2000年1月1日，壞賬準備余額為30萬元，應收賬款余額為2000萬元。若2000年12月31日壞賬準備余額為50萬元（本年度提取壞賬準備20萬元），應收賬款余額為3000萬元。則：
稅法規定的壞賬準備扣除限額＝（期末應收賬款余額－期初應收賬款余額）×5‰＝（30000000－20000000）×5‰＝50000元；本年度實際提取的壞賬準備＝期末壞賬準備余額－期初壞賬準備余額＝500000－300000＝200000元；應調增應納稅所得額＝200000－50000＝150000元。
應該注意的是，國稅發［2000］84號文件規定，提取壞賬準備金的納稅人發生的壞賬損失，應沖減壞賬準備金；實際發生的壞賬損失，超過已提取的壞賬準備的部分，可以在發生當期直接扣除；已核銷的壞賬收回時，應相應增加當期的應納稅所得。這一規定與壞賬準備的會計核算相同，在按上述方法進行納稅調整時，無需考慮應沖減的壞賬準備（指實際發生的壞賬損失）和新增加的壞賬準備（指收回已核銷的壞賬）。
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