根據財稅[2016]36號文附件1第四十六條以及《增值稅暫行條例》第二十二條第一款規定，總機構和分支機構不在同一縣（市）的，應當分別向各自所在地的主管稅務機關申報納稅；經財政部和國家稅務總局或者其授權的財政和稅務機關批準，可以由總機構匯總向總機構所在地的主管稅務機關申報納稅。

　　可見，總分機構不再同一縣市的，并且沒有被批準要求匯總納稅的，需要分別向各自所在地的主管稅務機關申報納稅。因此，總分公司之間如果發生經營業務，分公司可以向總公司開具發票。

　　根據國家稅務總局公告2012年第57號第二條規定，居民企業在中國境內跨地區（指跨省、自治區、直轄市和計劃單列市，下同）設立不具有法人資格分支機構的，總分公司之間的企業所得稅需要匯總納稅。

　　特別注意：會計上是否獨立核算，是貴司自行決定的，完全是企業內部管理的要求，無論是否獨立核算，在稅收管理層面上，沒有任何區別。

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　　相關規定：

　　《增值稅暫行條例》

　　第二十二條增值稅納稅地點：

　　（一）固定業戶應當向其機構所在地的主管稅務機關申報納稅。總機構和分支機構不在同一縣（市）的，應當分別向各自所在地的主管稅務機關申報納稅；經國務院財政、稅務主管部門或者其授權的財政、稅務機關批準，可以由總機構匯總向總機構所在地的主管稅務機關申報納稅。

　　《財政部國家稅務總局關于全面推開營業稅改征增值稅試點的通知》（財稅[2016]36號）附件1：《營業稅改征增值稅試點實施辦法》

　　第四十六條增值稅納稅地點為：

　　（一）固定業戶應當向其機構所在地或者居住地主管稅務機關申報納稅。總機構和分支機構不

　　在同一縣（市）的，應當分別向各自所在地的主管稅務機關申報納稅；經財政部和國家稅務總局或者其授權的財政和稅務機關批準，可以由總機構匯總向總機構所在地的主管稅務機關申報納稅。

　　《國家稅務總局關于印發<跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法>的公告》（國家稅務總局公告2012年第57號）

　　第二條居民企業在中國境內跨地區（指跨省、自治區、直轄市和計劃單列市，下同）設立不具有法人資格分支機構的，該居民企業為跨地區經營匯總納稅企業（以下簡稱匯總納稅企業），除另有規定外，其企業所得稅征收管理適用本辦法。