行政事業單位會計不進行盈虧核算，而是著重核算有關資金的收支結余。會計對象的性質決定了不同的會計特點，而會計科目是對會計對象的具體內容按照一定原則進行科學分類，因此行政事業單位的會計科目的設置與運用是做好行政事業單位會計工作的基本前提。
行政單位為執行國家機關工作任務所需的資金，由各級政府財政部門從政府預算資金中分配和撥付，行政單位業務活動的目的是為了滿足社會公共需要，具有明顯的非市場性。
事業單位的資金來源多渠道，支出使用多用途。事業單位的資金除了來源于政府財政撥款外，還有來源于上級、單位業務活動的的資金等；事業單位資金的支出使用，有用于開展專業業務活動的，有用于開展經營活動的，有用于對附屬單位補助的，有用于上繳上級的等等。
行政事業單位會計科目設置的原則
會計科目的設置對會計信息的質量有決定性的影響，行政事業單位會計科目的設置應遵循以下原則。
（一）會計科目的名稱與核算內容應具有統一性
為了便于會計資料在各地區、各部門以及全國范圍內匯總分析，特別是為了反映國家預算的執行情況，行政事業單位的會計科目應由財政部統一制定。
會計科目的名稱未經財政部同意不得改變和合并；其核算內容和使用方法亦不得隨意改變；如因自身業務活動需要，各地區、各部門可以增設科目，報請財政部同意；對于明細科目，可由各地區、各部門和基層單位按一定要求自行規定。
（二）會計科目要適應各單位業務活動的特點，符合預算管理的要求
行政事業單位的業務活動與企業的生產經營活動不一樣，行政單位和事業單位的業務活動也有各自不同，如部分事業單位實行有償服務，有一定的業務收入，行政單位只按規定履行公務，沒有自身業務收入；有的事業單位要求進行成本核算，行政單位則不存在成本核算問題等。
因此，會計科目的設置要充分考慮各單位業務活動的實際需要，也便于將核算結果同政府預算進行對比分析，加強預算管理。
（三）會計科目要適應單位內部管理的要求
會計科目提供的信息既要符合國家宏觀管理的要求，滿足有關各方了解單位財務狀況和收支情況的需要，又要滿足單位加強內部管理的需要，為單位領導預測、決策和日常管理提供詳盡有效的會計信息。
因此，會計科目的設置既有統一性，又要因地制宜。如有些單位內部的二級單位作為一個會計主體進行核算，設置內部資金結算中心，進行成本核算，這樣就需要增設一些會計科目，增加會計科目的級次。
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