(一)整體稅負偏高
據國務院發展研究中心的測算顯示，2000年我國商業銀行的總體稅負水平(應納稅額占其總收益的比重)為69.71％，稅負水平明顯高于其他國家。
1．營業稅
(1)從與其他行業的比較看，金融保險業的營業稅稅率5％，明顯高于同行業實行3％稅率的交通、建筑 郵電等企業。國家稅務總局的一項稅務測算表明，2OO3年我國金融保險業的營業稅稅負分別為5.2％和5.8％， 不僅高于其他行業的營業稅稅負水平。也高于4名的營業稅平均稅負水平。另據資料統計，2003年度，中國農業銀行共實現營業收人562.9億元，凈利潤19.2億元，卻繳納營業稅金及附加48．4億元；2004年度， 中國工商銀行實現營業收入1266.9億元，實現凈利潤23.1億元，卻繳納營業稅金及附加82.3億元。以上數據可見，銀行所繳納的營業稅稅金都遠高于其得到的凈利潤。
(2)從國外情況看，我國的營業稅稅率也處于高水平。為減少稅收對金融的負面影響，國外一般是少征營業稅或者是征收登記稅、印花稅等其他稅種，而且稅率也很低，如韓國金融業營業稅率僅為O.5％；歐洲國家則一般不征收流轉稅，而征收稅率較低的印花稅或登記稅；德國、意大利只對部分業務征收營業稅。
(3)從征收環節看，營業稅是按營業額全額征稅，而不是按凈額(即價差)征稅，更不是像增值稅那樣只對增值額征稅，即金融服務所消耗的投入物所含的進項增值稅額并不能得到扣除。對金融業征收營業稅，不允許抵扣購進品所含的增值稅，實際上金融業承擔了營業稅和增值稅的全部負擔。此外，營業稅稅基還包括收取的價外費用，因此一些實際并不構成企業收入的代收費用。如證券公司為證券交易所代扣代繳的過戶費、開戶費等，也納入稅基征收營業稅。
此外，目前我國中資銀行特別是國有銀行的不良貸款的比例很高，且呈現逐年遞增的趨勢。對企業特別是國有企業貸款的呆賬、壞賬增多加大了銀行的經營風險，因此金融業的高稅負對金融發展尤其是國有銀行的成長十分不利。
2．所得稅
(1)近年來， 國際上特別是我國周邊的發展中國家的企業所得稅稅率普遍呈現下降的趨勢。目前，我國企業所得稅33％的稅率雖然略低于一些經濟發達國家，例如，比利時公司所得稅稅率為39％，意大利為36％。法國為33.33％，西班牙和荷蘭為35％，美國公司所得稅實行15％—39％的超額累進稅率。但是，已經高于巴西(15％)、馬來西亞(28％)、韓國(28％)等發展中國家或新興工業國家，也高于英國、澳大利亞、日本(30％)和新加坡(25.5％)等經濟發達國家。并且，多數國家對于包括證券交易利得在內的長期資本利得，通常區別于普通資本所得而適用較低的稅率，而我國對于證券交易所得等資本利得統一按照普遍所得征稅
(2)所得稅的稅前扣除項目較少和扣除標準不合理，間接提高了金融業的人工成本，導致企業所得稅實際稅負較重，從而影響其競爭力。我國現行稅制對許多支出項目規定了稅前扣除標準，如工資支出、固定資產折舊、業務招待費支出、壞賬準備的提取等。企業所得稅扣除項目和扣除標準限制過多，特別是金融業由于自身的行業特點，扣除標準低，如金融業的員工工資支出和壞賬損失明顯高于其它一般行業，但稅前扣除卻與其它行業一樣。從而加重了金融業所得稅的實際稅負。再者，允許稅前扣除的壞賬標準過嚴，金融企業應收未收利息逾期18O天以上的，可以沖抵當期的應納稅所得額；應收未收本金則按照有關壞賬損失認定的規定據實在稅前扣除，即原則上應收未收本金逾期3年以上仍未收回的，可以據實在稅前扣除。金融行業經營風險較大，及時核銷逾期不能收回的壞賬，對保障金融企業的抗風險能力有著重要意義。貸款本金3年不能收回才能作為壞賬核銷，不符合金融企業防范經營風險的要求。
(二)稅收政策不統一
我國對內外資商業銀行一直實行不同的稅收政策，外資商業銀行享受的超國民待遇較為明顯。導致中外資銀行在實際稅負方面存在巨大的差異。
1．稅率不同
我國稅法規定，外資金融機構享有稅收減免優惠：凡在經濟特區內的外資金融機構，其來源于特區內的營業收入。從注冊之日起。可享受免稅5年的優惠；在經濟特區和國務院批準的其他地區設立的外資金融機構，外國投資者投入資本或分行由總行撥人營運資金超過1000萬美元，經營期在lO年以上的，其經營業務所得減按15％的稅率征收所得稅，從獲利年度起，*9年免征，第二年和第三年減半征收企業所得稅。而中資金融機構一律適用33％的企業所得稅。
2．稅基不同
中資銀行與外資銀行在計稅工資、職工福利費、捐贈支出、業務招待費、利息支出、壞賬損失、固定資產折舊等方面的扣除規定都有所不同，外資銀行的稅收扣除比中資銀行寬松，從而造成兩者實際稅基上的差異。例如，中資銀行的折舊殘值規定一般應不高于原價的5％，而外資銀行的折舊殘值則應不低于原價的lO％等。
3．限制措施不同
根據國家稅務總局的規定。對外資金融機構剔除由其總行無償撥給不少于1億元人民幣等值的自由兌換貨幣的營運資金外而支付給境外總行、分行及同業的拆借資金利息所得一律征收預提所得稅。外國企業來源于中國境內的利息所得，預提所得稅率為20％，外國企業從中國國家銀行取得的利息以不高于同業拆借的條件免征預提所得稅。這樣加大了外資銀行的籌資成本和經營費用。但是外資金融機構的外幣存、放款利率及各種手續費率，可以通過同業公會協商確定或者參照國際市場行情制定，報中國人民銀行當地分支機構備案。相比之下，中資銀行的經營成本明顯高于外資銀行。
4．優惠政策不同
外資銀行可享受再投資退稅。外資銀行將本企業取得的利潤直接再投資于該企業，增加注冊資本，或者作為資本投資開辦其他外商投資企業，經營期不少于5年的，可退還其投資部分已繳納所得稅的4O％稅款。此外，在其他稅種方面，兩者交繳的稅種數量、稅種內容和稅負均不相同。如中資銀行除繳納房產稅外，還要繳納城市維護建設稅、教育費附加；而外資銀行則免征城市維護建設稅、教育費附加等。
(三)稅制設計不合理
1．稅制設計簡單
我國現行的金融稅制過于簡單。沒有對不同的業務區別對待。缺少對新興金融業務的扶持政策，難以發揮稅收對金融業務的調控和政策導向作用。例如，“離岸金融業務” 是外向型經濟為主的國家和地區拓展國際貿易、搶占國際市場的制高點，其特點是“兩頭在外”，從境外吸收存款，向境外貸款，由于該業務風險大、前景好，各國在稅收政策上一般都予以扶植。但是，我國對這一新型金融業務幾乎沒有稅收優惠的規定，這將制約離岸金融業務的發展。
2．稅收征管制度有待健全
我國金融稅制還有待向規范化、制度化發展，對一些概念和規定需做明確的界定，以減少偷稅、逃稅的渠道。例如。稅法沒有限定自有資金的使用范圍，由于金融機構往來暫不征收營業稅，境內外資金融機構就有可能將自有資金存放聯行。獲取利息而無需繳納營業稅等，造成國家稅收流失，其它如外籍員工實物報酬和實際待遇的扣除、總行管理費的分攤、與聯行業務往來、資本性支出與經營性支出等相關規定都有待進一步明確和完善。另一方面，隨著網絡技術的日益普及，世界金融網絡交易迅猛發展。從我國來看，隨著外資銀行的增加，網絡交易勢必成為金融交易的主要方式，然而我國的金融網絡交易稅務征管系統還處于待建階段
3．金融機構往來沒有全部納入營業稅征稅范圍
目前，內資銀行的利息收入中，金融機構往來收入所占的比例都很大。按照現行稅法，金融機構往來收入不征營業稅。金融機構往來收入，包括金融機構之間因相互占用或調劑資金而收的利息，實際上也是一種貸款行為，也是金融機構的營業收入，對其不征稅，是導致部分銀行資本運用效率低下的重要原因之一。對這部分收入不征營業稅，不符合市場經濟的基本原則，難以充分發揮這類資金的效益。
4．金融衍生工具的稅收尚未確定
現行稅制對金融衍生工具的規定僅限于期貨和股票期權方面，對其他金融衍生工具是否征稅沒有規定。隨著社會主義市場經濟體制的建立和發展。各種金融衍生工具陸續出現，現行稅制的一些方面已不適應金融衍生工具發展的新情況。對一些新保險品種的征稅問題還沒有明確的政策取向，如：投資聯結保險這一類新險種的分紅收益，目前未納入個人所得稅的征收范圍，這與銀行儲蓄利息所得要納稅相比，顯得不夠合理。
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