《房地產開發經營業務企業所得稅處理辦法》（國稅發[2009]31號）對房地產企業的收入處理進一步作出比較明確的規定。國稅發[2009]31號文件不再有預售收入的表述、該文第六條規定，企業通過正式簽訂《房地產銷售合同》或《房地產預售合同》所取得的收入，應確認為銷售收入的實現。第九條規定“開發產品完工后，企業應及時結算其計稅成本并計算此前銷售收入的實際毛利額，同時將其實際毛利額與其對應的預計毛利額之間的差額，計入當年度企業本項目與其他項目合并計算的應納稅所得額”表述的也是此前銷售收入的實際毛利額。
從這點來看房地產企業銷售收入的規定與《企業會計準則第14號——收入》關于銷售商品的收入確認規定有所不同，同一般企業適用的收入確認標準即《國家稅務總局關于確認企業所得稅收入若干問題的通知》（國稅函[2008]875號）中“（一）企業銷售商品同時滿足下列條件的，應確認收入的實現：1.商品銷售合同已經簽訂，企業已將商品所有權相關的主要風險和報酬轉移給購貨方；2.企業對已售出的商品既沒有保留通常與所有權相聯系的繼續管理權，也沒有實施有效控制；3.收入的金額能夠可靠地計量；4.已發生或將發生的銷售方的成本能夠可靠地核算。”相比有自身的特殊性，所以正確理解該文關于銷售收入的確認規定對于準確計算房地產企業所得稅至為重要。
根據國稅發[2009]31號文件和《企業所得稅法實施條例》中關于業務招待費、廣告宣傳費扣除的規定，房地產企業按《企業會計準則》核算的預售收入是可以作為業務招待費和廣告宣傳費的扣除基數的，不再按國稅發[2006]31號文的規定待實際結轉為收入時再將其作為計算基數。
國稅發[2009]31號文件第十二條 “企業發生的期間費用、已銷開發產品計稅成本、營業稅金及附加、土地增值稅準予當期按規定扣除”的規定也對各地在執行國稅發[2009]31號文件中對于會計確認的預售收入所預繳的營業稅金及附加是否扣除不夠統一的情況進行了明確，即按實際發生的原則進行扣除。
根據國稅發[2009]31號文件規定，上述甲房地產公司計算的2008年、2009年度應納企業所得稅為：
2008年度可扣除管理人員工資50萬元、業務招待費20萬元（4000×0.5%=20，90×60%=54，20＜54，應扣除20萬元）、廣告宣傳費300萬元（4000×15%=600，300＜600，可全額扣除）、營業稅金及附加262萬元，合計632萬元。當年未完工產品銷售收入預計毛利額為400萬元，全年應納稅所得額為-232萬元。
2009年度當年完工產品A1房產總計銷售收入為6000萬元，開發成本為4000萬元，毛利2000萬元，扣除2008年度的預計毛利額400萬元，加上當年A2房產銷售收入5000萬元的預計毛利額500萬元，合計2100萬元。
可扣除管理人員工資55萬元；業務招待費按當年銷售收入7000萬元計算的扣除限額為35萬元，實際支出60萬元的60%為36萬元，實際扣除35萬元；廣告宣傳費當年銷售收入7000萬元的扣除限額為1050萬元，實際發生額200萬元可全額扣除；營業稅金及附加應按當年銷售收入7000萬元的實繳數扣除458.5萬元[（5000+2000）×（5.55%+1%）=458.5].合計748.5萬元。
2009年度應納稅所得額為1351.5萬元，可彌補2008年度虧損232萬元，實際應納稅所得額為1119.5萬元，應納企業所得稅279.875萬元。
另外需要注意的是，對于房地產企業會計核算的預售收入作為廣告宣傳費、業務招待費的扣除基數在企業所得稅年度納稅申報表中的填列，企業所得稅年度納稅申報表中邏輯關系有表間關系：附表一《收入明細表》中第1欄金額與附表八《廣告費和業務宣傳費跨年度納稅調整表》中第4欄金額應一致。會計核算的預售收入在申報時應填在附表一《收入明細表》中第16欄視同銷售收入中的其他視同銷售收入中。
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