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根據《財政部、國家稅務總局關于進一步推進出口貨物實行免抵退稅辦法的通知》（財稅[2002]7號）規定，生產企業自營或委托外貿企業代理出口自產貨物，除另有規定外，增值稅一律實行免、抵、退稅管理辦法。具體計算方法與計算公式如下：
（1）當期應納稅額的計算。
當期應納稅額＝當期內銷貨物的銷項稅額－（當期進項稅額－當期免抵退稅不得免征和抵扣稅額）－上期留抵稅額
當期免抵退稅不得免征和抵扣稅額＝出口貨物離岸價×外匯人民幣牌價×（出口貨物征稅率－出口貨物退稅率）－免抵退稅不得免征和抵扣稅額抵減額
免抵退稅不得免征和抵扣稅額抵減額＝免稅購進原材料價格×（出口貨物征稅率－出口貨物退稅率）
如果當期沒有免稅購進原材料，上述公式中的免抵退稅不得免征和抵扣稅額抵減額，以及后面公式中的免抵退稅額抵減額就不用計算。
（2）免抵退稅額的計算。
免抵退稅額＝出口貨物離岸價×外匯人民幣牌價×出口貨物退稅率－免抵退稅額抵減額
免抵退稅額抵減額＝免稅購進原材料價格×出口貨物退稅率
（3）當期應退稅額和免抵稅額的計算。
當期期末留抵稅額≤當期免抵退稅額，則
當期應退稅額＝當期期末留抵稅額
當期免抵稅額＝當期免抵退稅額－當期應退稅額
當期期末留抵稅額＞當期免抵退稅額，則
當期應退稅額＝當期免抵退稅額
當期免抵稅額＝0
當期期末留抵稅額根據當期《增值稅納稅申報表》中“期末留抵稅額”確定。
進行出口貨物增值稅核算須設置“應交稅費——應交增值稅”科目，還應設置“進項稅”、“銷項稅”、“免抵稅”、“出口退稅”“進項稅額轉出”等明細科目，其核算舉例如下：
【例1】某自營出口的生產企業為增值稅一般納稅人，出口貨物的征稅稅率為17％，退稅率為9％，2007年9月有關經營業務為：購進原材料一批，取得的增值稅專用發票注明價款500萬元，外購貨物準予抵扣的進項稅額85萬元通過認證，上月末留抵稅額5萬元，本月內銷貨物不含稅銷售額100萬元，收到價稅合計117萬元存入銀行。本月出口貨物離岸價USD50萬，前期出口貨物本期收齊出口單證銷售額和本期出口單證齊全銷售額合計USD60萬。外匯人民幣牌價為7.3。
有關增值稅業務核算如下：
（1）購進貨物的核算：
借：原材料 5000000
應交稅費——應交增值稅——進項稅額 850000
貸：銀行存款 5850000
（2）內銷業務的核算：
借：銀行存款 1170000
貸：主營業務收入——內銷收入 1000000
應交稅費——應交增值稅——銷項稅額 170000
（3）出口銷售的核算：
借：應收外匯賬款 3650000
貸：主營業務收入——外銷收入 3650000
（4）計算當期免抵退稅不得免征和抵扣稅額：
當期免抵退稅不得免征和抵扣稅額＝500000×7.3×（17％－9％）－0＝292000（元）
借：主營業務成本 292000
貸：應交稅費——應交增值稅——進項稅額轉出 292000
（5）計算當期應交增值稅額：
當期應交增值稅額＝170000－（850000－292000）－50000＝－438000（元）
即當期期末留抵稅額為438000元。（為當期增值稅納稅申報表中的期末留抵稅額。）
此過程不需要進行賬務處理。
（6）計算當期免抵退稅額：
當期免抵退稅額＝600000×7.3×9％－0＝394200＜438000元
當期應退稅額＝394200元
當期免抵稅額＝0
借：應收出口退稅 394200
貸：應交稅費——應交增值稅——出口退稅 394200
“應交稅費——應交增值稅”期末余額為借方43800元，即為下期抵扣稅額。
【例2】若例1中當期內銷貨物不含稅銷售額300萬元，前期出口貨物本期收齊單證銷售額和本期單證齊全銷售額合計USD40萬，其他條件不變。
有關增值稅業務核算如下：
購進貨物、出口銷售業務、進項稅額轉出業務核算同例1。
（1）內銷業務的核算：
借：銀行存款 3510000
貸：主營業務收入——內銷收入 3000000
應交稅費——應交增值稅——銷項稅額 510000
（2）計算當期應交增值稅額：
當期應交增值稅額＝510000－（850000－292000）－50000＝－98000（元）
即當期期末留抵稅額為98000元。（為當期增值稅納稅申報表中的期末留抵稅額。）
此過程不需要進行賬務處理。
（3）計算當期免抵退稅額：
當期免抵退稅額＝400000×7.3×9％－0＝262800元＞98000元
當期應退稅額＝98000元
當期免抵稅額＝262800－98000＝164800（元），為《生產企業出口貨物免、抵、退稅申報匯總表》中的“當期免抵稅額”。
借：應收出口退稅 98000
應交稅費——直交增值稅——免抵稅 164800
貸：應交稅費——應交增值稅——出口退稅 262800
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