在建筑業總分包間差額抵扣營業稅的風險主要體現以下幾方面：
（1）建筑工程的轉包不可以差額抵扣營業稅。
《房屋建筑和市政基礎設施工程施工分包管理辦法》（中華人民共和國建設部124號令）第十三條規定：“禁止將承包的工程進行轉包。不履行合同約定，將其承包的全部工程發包給他人或者將其承包的全部工程肢解后以分包的名義分別發包給他人的，屬于轉包行為。”《中華人民共和國建筑法》（中華人民共和國主席令第46號）第二十八條規定：“禁止承包單位將其承包的全部建筑工程轉包給他人，禁止承包單位將其承包的全部建筑工程肢解以后以分包的名義分別轉包給他人。”《中華人民共和國營業稅暫行條例》（中華人民共和國國務院令第540號）第五條第（三）項規定：“納稅人將建筑工程分包給其他單位的，以其取得的全部價款和價外費用扣除其支付給其他單位的分包款后的余額為營業額。”基于這些政策法律規定，在建筑工程總分包之間，如果總承包方把工程轉包給個人還是建筑企業（無論有五建筑資質），則總承包方必須全額繳納營業稅，而不能差額抵扣營業稅。
（2）總承包人把建筑工程分包給個人或沒有建筑資質的公司，不可以差額抵扣營業稅。
《中華人民共和國建筑法》（中華人民共和國主席令第46號）第二十九條規定：“建筑工程總承包單位可以將承包工程中的部分工程發包給具有相應資質條件的分包單位；禁止總承包單位將工程分包給不具備相應資質條件的單位。”同時，《房屋建筑和市政基礎設施工程施工分包管理辦法》（中華人民共和國建設部124號令）第八條規定：“嚴禁個人承攬分包工程業務。”第十四條第（一）規定：“分包工程發包人將專業工程或者勞務作業分包給不具備相應資質條件的分包工程承包人的是違法分包。”根據以上政策法律規定，如果總承包人將建筑工程分包給個人或沒有建筑資質的公司，必須全額繳納營業稅，而不可以差額抵扣營業稅。
（3）安裝工程、裝修工程、修繕工程和其他工程的總分包之間不可以差額抵扣營業稅。
《中華人民共和國營業稅暫行條例》（中華人民共和國國務院令第540號）第五條第（三）項規定：“納稅人將建筑工程分包給其他單位的，以其取得的全部價款和價外費用扣除其支付給其他單位的分包款后的余額為營業額。”基于此規定，總分包之間差額抵扣營業稅，只限于建筑工程。根據國家稅務總局關于印發《營業稅稅目注釋》（試行稿）的通知（國稅發「1993」第149號）第二條的規定，所謂建筑工程是指新建、改建、擴建各種建筑物、構筑物的工程作業，包括與建筑物相連的各種設備或支柱、操作平臺的安裝或裝設工程作業，以及各種窯爐和金屬結構工程作業在內。因此，如果安裝工程、裝修工程、修繕工程和其他工程的總承包方把其中的部分安裝工程、裝修工程、修繕工程和其他工程分包給其他人（無論是個人還是公司），都不能享受差額抵扣營業稅的稅收待遇。
（4）總包人沒有履行抵扣營業稅的法定申報程序，不可以差額抵扣營業稅。
為了抵扣營業稅，總承包人必須履行一定的法定申報程序。概而言之，主要符合以下申報程序：分包人必須向總包人開具建安發票，而且總承包人必須向建筑勞務所在地地稅局提供分包人開具的建筑業發票和稅收繳款書復印件；有的地方稅務機關要求分包額除以總包額小于50%.《中華人民共和國建筑法》（中華人民共和國主席令第46號）第二十九條第二款規定：“施工總承包的，建筑工程主體結構的施工必須由總承包單位自行完成。”基于此規定，一個建筑工程的主體工程在總工程中一定超過50%，有的地方稅務局在審查總分包時，如果總包只做工程的一小部分，則認定為總包發生轉包行為，不可以差額抵扣營業稅。
另外，總承包人必須持總分包合同到工程所在地的地稅局進行備案登記，并且必須向工程所在地的地稅局進行建筑工程項目登記，申報納稅。
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